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虎克当时建议他把书分成许多要在林纳学会单独作的报告。达尔文同意了，他写的《在家养下的变异》，足够整个一次会议用。但是，如果不能马上全部发表，他会感到遗憾，因为这一部分同其他部分是十分紧密地联系在一起的。
在海滨休息期间，达尔文为自己书中阐述的思想不能不作些观察。例如，他在给虎克的信中转述了自己对海浪传播生物的札记。他复活了涨潮冲到岸上的十三个甲虫种，他还观察了飞帘的种子是怎样被风刮到海里去的。
九月中旬，在休息一个月以后，达尔文又着手写《摘要》。他在十月六日给虎克的信中写道：“《摘要》写得太长”，“他不能把它写得短一点”，并且“预料，《摘要》是一小卷，因此不得不单独出版”。十一月，他已经在写关于本能和杂交这两章；每章都要占他十四天的时间。他在给虎克的信中还写道：“我任何地方都没有超过二、三个例子，对所有难点也只简略地叙述一下，但我实在无法把《摘要》写和更短了”。
在这期间，达尔文的孩子们开始收集甲虫，众所周知，这种事情在童年也吸引了他本人。他多次参加了孩子们的收集工作。他给拉卜克写道：“当我听到捕获稀有甲虫的消息时，我的感觉好象是一匹老战马听到了号角一样。对于一个嗜好成癖的昆虫学家来说，这难道不是一个高尚的比喻吗？”
就在十一月，达尔文还收到哲学家赫伯特·斯宾塞的一卷《试验》。赫·斯宾塞象达尔文一样，在《实验》中转载了《发展的假说》（一八五二年）和《进步、进步的规律和原因》（一八五七年）的论文，坚持生物的进化学说，并抨击关于“创造”生物的一般观念。的确，他认为，生物只不过是能直接“适应周围环境”，而重要的是，他引用了“一般的想法”来证明生物的进化。达尔文在给斯宾塞的回信中也对一般的想法加以赞扬。达尔文还把自己对物种的研究告诉斯宾塞，并指出，他与哲学家不同，他是作为博物学家而不是从一般观点出发来研究对象的。
到十二月底，达尔文已经写了三百页手稿；根据他的计算，还要写一百五十页至两百页。在向虎克（达尔文由于不相信自己而经常把各章的手稿寄给自己的朋友去修改和提意见）谈到这一点时，达尔文给虎克写道，他最终“认为用单行本出版《摘要》在各方面都要好一些”。他继续写道：“这个课题实在太大了，不能在任何学会中对它加以讨论，并且我知道，人们会把宗教问题扯进来的”。
达尔文有各种根据这样想。还在一八五八年九月，在利兹召开的英国科学协会代表大会开幕式上，古生物学这理查德·奥温，在长篇大论的开幕词里，分析了“物种的创造或形成”的问题。叙述了达尔文和华莱士的观点之后，他竭力把他们的观点，同通过“创造力不断起作用或预先规定的生物形成的原理”这种形式表达出来的他个人的观点硬扯到一起。根据这个原理，生物的目和种应该一个接一个繁衍下去。因此“创造出来的东西不断地弥补已绝灭的东西”。他认为，达尔文和华莱士只是把他的“原理”推广到用变种代替典型生物。因此，达尔文就是通过这个实例明显地看到，有些人会把宗教问题“拉扯”进来。
然而，正如斯·尔·索博利公正指出的那样，这位著名的古生物学家，在他的发言里，想以非常混乱的言语（见索博利上述引证的论文的细节），调和两个对立的观点——一部分拥护者认为，物种起源是通过创造活动，另一部分拥护者则认为，物种起源是进化的“自然”进程，这次发言对达尔文的事业帮了大忙，因为奥温的发言是在代表大会广大听众中讲的，英国最著名的学者和技术专家都出席了大会。斯·尔·索博利写道：“造化说的最大代表（通过创造活动‘创造’物种的拥护者）——‘英国的居维叶’（正如人们经常称呼他那样），叙述了象享有广泛声誉的达尔文这样严肃的研究家提出的学说，即同报告人和大多数出席者历来观点明显对立的学说，他不仅不批评这种学说。相反，他好象接受了这种学说……在英国科学协会这次会议以后，人们一定是在急不可耐地等待达尔文著作的发表。
一八五九年一月，达尔文终于接到了华莱士对他和虎克合写的信的答复。而且复信的口吻使他感到非常高兴。看来。华莱士赞成达尔文的朋友们所采取的一切行动，他丝毫不追求优先权。在林纳学会这一历史性会议之后，五十年过去了，华莱士在把自己当时的行为同达尔文的行为作比较时说道：“正象达尔文一样，我突然明确地产生了一种想法：我一连几小时把它透彻地想了，并把它迅速地写出来，把它的各种运用和发展写成一个简短的东西，我当时是怎样想到这一点的，然后用几页信纸加以誊清寄给了达尔文，——所有这些都是在一个星期内做的。我当时（而且后来也不止一次地）是‘一个性急的年轻人’，他是一个勤奋的和有耐心的学者，他一直在寻求他所发现的真理的全面证明，而不是急于获得个人的成就”。
《摘要》坚持不懈地在进展，然而进展相当缓慢。到一八五九年三月，他才写好关于地理分布的一章，并把它寄给虎克审阅。三月十六日，达尔文写完了关于分类法、形态学、胚胎学等的最后一章。
达尔文在写作期间有好几次到慕尔公园去进行水疗，因为水疗暂时可以使他振作精神并保持他的体力。正如他给福克司的信中写的那样，在三月二十四日，他的工作已“接近完成”并“对出版的那几章作了最后修改”。他泰然地、但坚决地反对福克司硬说他达尔文那样工作是为了名誉。他写道：“在某种程度上说，我是重视名誉的，但是我是很有自知之明的，所以我是由于一种试图说明真理的本能而工作的”。
赖尔大概从虎克那里知道了达尔文不反对按他的《地质学原理》的形式出版书时，开始同自己的出版者穆瑞洽谈，他是否准备出版达尔文的书。达尔文在三月底听到这一消息，并且看到，他的书愈来愈处于有利于出版的地位，非常高兴地接受了在穆瑞那里出版书的想法。他向赖尔提出了很多问题，并请他提出建议。十分有趣的是，从他给赖尔的信中可以看到，一个自由的思想家是怎样违心地重视出版者的宗教偏风的。他给赖尔写道：“您要给我出个什么主意呢？我是否应该告诉穆瑞，我的书会与正统的观点相矛盾，但就研究的对象的实质来说，比必然发生的矛盾要少，我是否应该告诉他，·我·不·谈·人·类·的·起·源（着重点是我加的——作者注），也不对《创世纪》等等进行争论，我只列举事实以及由这些事实得出的那些我认为公平的结论呢？”他担心使出版者“上当”，所以坚持在签订合同以前，让出版者哪怕读完前三章也好。据说穆瑞读完手稿的片断后，称这个学说是胡说八道，如同某个人假定一只兔子同一个老太婆很顺利地结了婚一样。但是，穆瑞大概感觉到，这本书将会销路很广，这一点对于他的商业活动来说则是主要的。
书的标题引起了一些分歧。达尔文建议把书叫作《关于通过自然选择的物种和变种的起源一书的摘要》。穆瑞坚持该书不能叫作《摘要》。赖尔反对“自然选择”这个术语。但是达尔文在这方面没有对他让步。他认为，这个术语是畜牧家们普遍而又广泛使用的术语，对于表明家养动物和野生动物的选择或育种原则的共同性是很合适的术语。他只限于说明“或者在生存斗争中保存那些得天得厚的品种”这一术语。
四月初，书开始印刷，六月，书的校样出来了。达尔文毫不留情地修改了“可恶的”校样。他逐字逐句地把校样抹掉，再贴补上几张纸条——他认为文体是十分差劲的。据穆瑞说，他“几乎是全部重新写”。他力求使文体清楚和事实准确，除此之外，他还把校样寄给自己的朋友赖尔和虎克检查。
他期待他们俩还能够在事实上和证据上改正一些错误。
十月一日，最后的清样终于校完，被工作弄得疲惫不堪的达尔文，健康状况本来就不佳，现在可以到约克郡的艾克雷水疗机关全休了。在这里，头三个星期，不大习惯的闲散生活使他重新恢复了体力，并促使他继续为虎克审阅《澳洲植物志》的《绪论》。
《依据自然选择的物种起源》一书，于一八五九年十一月二十四日出版，一千二百五十册书全部在当天销售一空。可是这一数字，在达尔文看来，作为第一次出版的印数好象太多（见九月三十日他给赖尔的信）。
第一版为什么能如此成功地销售一空呢？毫无疑问，正如穆瑞表明的那样，这是由于在林纳学会会议进行期间，大博物学家达尔文正在准备写一部出色的物种起源的书的消息，引起了越来越大的兴趣。我们已经指出了古生物学家奥温在利兹会议上的发言。
这一时期反对达尔文的其他人的发言中，有都柏林的地质学家霍顿教授在都柏林地质学会年会上的发言。“圣”霍顿在爱尔兰首都的这个发言的主要思想是，在达尔文和华莱士的思想中，凡属正确的都不是新鲜的，而凡属新鲜的都是不正确的。得知这个发言后，达尔文称它是“未来批评的典范”。这个发言就是来自虎克称之为“旧学派”的那些博物学家的发言。
然而，赖尔的发言具有极其重大的决义，尤其值得指出的是，不管赖尔多么热爱达尔文，但在物种起源问题上，他很久不能放弃习惯的观点。实际上，正如他同达尔文在这个时期的通信所表明的那样，他仍然赞同关于“创造力量的干预”是必然的这样一种意见，达尔文认为，这会使“自然选择学说失去任何价值”。他在物种起源问题上，仍然坚持象“改善原则”和“适应的初级才能”这些抽象的概念，如果接受自然选择学说，这些概念就失去了任何意义。
但是，这种摇摆不定并没有妨碍赖尔在英国科学协会（他是地质分会主席）第二十九次代表大会上发言，他在专门谈《人类的古远性》的发言中，对达尔文怀着极大的同情提到达尔文刚出版的那本书。
他在发言的结束语中说道：“在具有高度的理论兴趣并且由于地质学和博物学的现代成就而引起人们注意的问题当中，没有一个象物种起源问题这样引人注目但同时又含混不清的问题了。在这个难度大而又神秘的问题方面，很快就要出版查理·达尔文先生的著作——这是在动物学、植物学和地质学方面二十年观察和试验的成果，这些观察和试验使他得出结论：引起动植物形成亚种和经常的变种的自然界的力量，也是在较长的时期内产生物种，在更长的时期内使同属产生差别的那种力量。我认为，他会通过自己的研究和用自己的论据来清楚说明很多与生物的相似性、地理分布和地质层次有联系的现象的，而这些现象是任何其它假说都不能够解释，甚至不打算解释的。
索博利在引证赖尔发言中的这一处时正确地指出，演说中特别有趣的是两点：“赖尔在介绍达尔文学�