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参加上述探险，就从儿子那里借来一本达尔文的《‘贝格尔’号一个博物学家的日记》的校样送给他。这本日记对虎克产生了强烈的印象，他当时感觉到，较之于达尔文作为博物学家在环球旅行时所表现出来的多方面的知识和才能，他还相距很远。而在他去旅行之前，赖尔把刚刚出版的一本日记赠给了他。
关于他同达尔文的第一次会见，虎克是这么说的：“我第一次会见达尔文先生是在一八三九年特拉法加街心小公园（在伦敦）。我是同一位军官去的，七年以前，这位军官是达尔文在‘贝格尔’号舰上为时不久的同事，但是此后，这位军官大概没有再遇到过达尔文先生。我被介绍给达尔文先生。这次会见当然是短促的，但我记得达尔文先生是一个体高肩宽的人，背有点驼，谈话时有令人愉快而活泼的面部表情，眉象鬃一样，说话低沉而柔和；他象一个水兵一样异常爽直而诚恳地欢迎这位旧相识。”虎克仔细地观察了达尔文，因为他已经知道了使他感到高兴的达尔文的航海日记。
达尔文也关心作为博物学家去南极探险的虎克的命运；毫无疑问，他认为虎克的命运同自己的命运是相似的，并饶有兴趣地阅读了虎克寄给赖尔的信件。从探险归来以后不久，大约在一八四三年，虎克收到了达尔文下面的一封信：“尊敬的先生：我曾希望更早点荣幸地和您会面，并祝贺您从那长途而光荣的航行平安归来。但是我不常到伦敦去，要是您没有理由参加地质学会会议的话，我们还要相当长的时间不得相见。
我急于知道，您将怎样处理您的全部材料。我从阅读您的一些信件中得到了很多东西，以致于作为读者之一，如果没有机会读到更多东西的话，我会感到遗憾的。我想您现在很忙，并且十分快乐；我多么清楚地记得我回到英国后最初几个月的快乐心情：这补偿了海上风暴给我带来的一切痛苦。但是我已离开了这个促使我给您写信和向您表明我的愉快心境的主题，因为汉斯罗（他在几天前来信告诉我）已把我那少数植物搜集品寄给了您。您不可能相信我为此而感到的快乐，因为我恐怕把那些搜集品丢失了，搜集品的数量虽小，但搜集起来却花费了我很多的劳动。有几段笔记我想还在汉斯罗那里，这几段笔记叙述了几种非常好的植物的产地和其他的东西。我特别注意火地岛山地的花卉，并竭力保存了当时我们所到之地每种正在开花的植物。我早就认为，这一伸入南海极远的陆地尽头的植物区系的概貌会是很优美的。但是请您把同欧洲物种近似的那些物种，为我这样一个对于植物学一无所知的人作出比较并提出见解吧。我常想，在火地岛上是否有很多欧洲属植物，它们在科迪列拉山脉是找不到的，确定这一点准是一件极好的事情。虽然两处相距太远，但是，您是否在您写的任何概要中提出对无知者有重要意义的问题：什么属是美洲的？什么属是欧洲的？如果属是欧洲的，物种的差异有多大？
我希望汉斯罗会寄给您我搜集的加拉帕戈斯群岛的植物（洪保德对我表示过这些植物引起了他的强烈的好奇心）；我费了很大力气采集了所能采集到的植物。这个群岛的植物区系，象有些人所猜想的那样，应当提供一个与久已令人感到兴趣的圣赫勒拿岛植物区系几乎相似的情况……“
由此我们可以看到，达尔文同这位年轻的植物学家在事业上是怎样建立联系的，他又怎样立刻把自己的聪明才智用来研究使他本人感兴趣的生物地理学这些问题的。
共同的利益和工作使他同虎克的关系非常密切，以致达尔文敢于承认，正是他（虎克）首先“大胆”尝试解决关于物种起源问题的。
一八四四年一月，达尔文在致虎克的信中写道：“……自从我回来以后（从环球旅行回来以后），我就忙于一种非常自恃但（没有一个人不这样说）很愚蠢的工作。加拉帕戈斯群岛上的生物的分布以及其他东西使我感到非常惊讶，于是我决定胡乱搜集一些对什么是物种这一问题哪怕有一点关系的事实。我已阅读了大批农艺和园艺方面的书，并且不断地搜集事实。最后终于闪现出微光，而且我几乎已相信了（同我开始研究时的意见完全相反）物种（这全象承认谋杀罪）不是不变的。愿上天保佑我不去相信拉马克的进步的倾向，由动物迟缓起作用的意愿所引起的适应等等的荒谬说法吧。可是我所得到的结论却和他的结论相差无几，虽然变化的原因是迥然不同的。我想，我已找到了（这里也是自恃！）物种借以对于不同目的能作完美适应的那个简单途径。您现在就会唉声叹气并且会这样思忖，我怎么把时间浪费到这样一个人身上并且写了一些信给他！”。
我们先简单地谈谈他当时埋头写的《一八四四年概要》，然后再谈谈虎克以及他同达尔文后来接近的情况。
《一八四四年概要》大大增加了阐述自然选择的那一章的篇幅。达尔文在这里指出，虽然遗传性广泛地传开了，但是它的问题是复杂的；并不是生物在一生中所获得的一切都能遗传下来。例如，由于疾病影响而造成的残废和结构上的突然变化是不会遗传的。有一些类型，遗传倾向在加剧（垂紫杉），另一些类型在减弱（垂柳）。他接着指出了由人类选择种畜的重要性和隔离的意义，即防上同不良的个体和品种进行交配的作用。他还指出了采用选择的实际操作者在工作中的困难和细微之处，指出了在很多代期间进行育种的必要性。他比《一八四二年概要》更为详细地指出了对各种动物进行有步骤的选择的成绩。他强调指出，人不会创造出各种变化，只会把“自然界恩赐的礼品”合并和联合在一起。除了达尔文生活的那个时代（由于当时工厂生产需要大批经过改善的原料）所特有的系统选择以外，他还详细地叙述了人类在成千上万年间进行的“不自觉的选择”。他在这方面引证了对野蛮人部族的观察，包括对火地岛人的观察，他利用了圣经里的一些传说，老普里尼的著作，英国古代史和十六、十七世纪近代史的资料。在《概要》中，他把对“物种起源”起的某种作用也归之于杂交过程的本身。
有趣的是，他在了解大量实用文献以后，能够很准确地把当时实践家所共知的两个外形截然不同的种族或品种在第一代和以后各代杂交的结果总结为一定的公式：“如果使两个外形截然不同的种族彼此进行杂交，那么其后代的第一代多少有点象双亲中的某一个，或者完全具有介乎二者之间的外貌，或者有时在某种程度上具有新的性状。第二代和以后几代，在一些个体同另一些个体相比较时，其外形往往发生急剧的变化，其中很多代几乎又回到它们的始祖的形态”。
令人惊讶的是，这一句话如何准确地总结出经过五十多年后才由遗传学建立起来的那些规律性。遗传学是从许多有系统地进行的实验中发展起来的，而孟德尔便是进行这些实验的鼻祖。
我们不谈《一八四四年概要》同《一八四二年概要》的其他不同之处，我们只指出，除了关于“自然选择”这一节外，专门叙述动物地理学的那一章在《一八四四年概要》中得到了特别的发挥。它的篇幅之大同一八四三年的相比增加了十倍，它全部是重写的。这章分为三个基本部分：生物的现今分布情况，生物在过去的分布情况（古生物形态的分布情况）和列举出来的地理分布事实同他的理论相一致的程度。把整个陆地分成两个，三个和四个动物地理区是相当出色的，达尔文在这个《概要》中是根据哺乳动物的现今分布情况进行这种划分的。“如果把整个陆地分成两个区，那么澳大利亚同新几内亚组成一个区，其它地方就组成另一个区；如果把陆地分成三个区，那就是澳在利亚区，南美洲区和其他地区。如果分成四个区，这就是澳大利亚同新几内亚区、南美洲区、马达加斯加区以及一切其他地区”。人们不禁产生这样一种想法：如果他的朋友赫胥黎在很晚以后提出把整个陆地分成三个动物地理区——大南陆区、新热带区和北界区，那么他在这里就是用新的形式重复属于达尔文的想法。如果需要把世界分成四个区的话，那么把有着典型的始新世动物区系的马达加斯加划分进去，这在逻辑上也完全成立。
达尔文正是在《一八四四年概要》中说出了与众不同的思想，这就是冰川时期对于说明各个不同山峰上的高山植物区系断断续续的分布情况，对于说明它们同北极植物区系有相似之处，具有很大的意义。这一想法如上面我们所指出的那样，后来才第一次出现在刊物上，它与达尔文无关，是由伊·福勃斯公之于世的。
所有这些例子表明，《一八四四年概要》的作者具有远见卓识和高度的洞察力。《概要》中最令人感到惊奇的是，达尔文总的特点是把他对待科学的审慎态度，同他的勇往直前、敢攀高峰、丰富而又严谨的科学想象力结合在一起。达尔文向虎克承认的那种“非常自恃的”工作本身就是这样，而共同的工作使他俩更加接近。
达尔文把在加拉帕戈斯群岛上搜集的植物交给虎克后，告诉他关于独立的岛上一些鸟种和海贝的情况，同时还告诉他这些鸟种和海贝同美洲大陆的这些鸟种和海贝有相似之处，请他特别注意这些事实并加以研究，对加拉帕戈斯群岛的植物物种是否也可以作出这样的结论。他接着向虎克指出了同研究各群岛的动物区系有关系的各个作者，并请虎克注意，关于植物，是否可以认为在世界各地极为普遍的物种数目已经很多了。达尔文对所有这些问题都已经深思熟虑过。
可见，年轻的虎克受他的青年朋友的影响，在学术上迈出了最初几步，因为他的这位朋友要把他“培养”成为一个学者。这种影响由于虎克同达尔文的私人会见（起初在伦敦伊拉司马斯·达尔文的住所，后来又在唐恩，约·虎克曾同其他博物学家一起被邀请到这里来）而更加增强。虎克在回忆这段时间时说：“在他的健康状况有了短暂的好转后（接着就是长时间的患病时期，这些时期经常使他的生活变成负担），也就是在一八四四年和一八四七年间，我收到很多令人非常高兴的邀请。不能想象有哪一家比这一家更好客和在各方面更招人喜欢的了。常来聚会的人中，有医生法更纳、伊·福勃斯、贝尔教授和华德豪斯先生；当时一起长时间地散步，逗抱着的或坐在膝上的孩子们玩，听音乐，这音乐如今仍在我耳边回响。我不能忘记达尔文本人的诚挚态度，他爽朗的笑声，他家庭生活的快乐，跟他一起围绕着他的庄园到处看看，在他工作室内漫无边际的个别谈话，对生物和物理知识领域各分科存在的问题的讨论，我们已经着手研究这些问题，而且在研究这些问题后，我至少感到，我丝毫没有什么贡献，可我得到的比我所能容纳下的要多得多……”
在达尔文的健康状况恶化后，虎克是唯一的在唐恩一呆就是几天，而有时一呆就是几个星期的客人。他善于使达尔文感到毫无拘束。虎克经常带着自己的著作来，并独立地从事研究。吃完早饭，达尔文把他