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然而，这篇文章刊出后，似乎并未引起人们多大的注意。几个星期过去了，鲍林仍然不见有什么反应，困惑之中，他提笔给斯莱特写了一封信，问他有什么看法。在他收到的回信中，对方言辞显露出少有的直率。这一新的研究“极为粗糙”，斯莱特写道。“这与我对您撰写的许多论文的意见是一致的。我认为，这类犯了简单化毛病的理论是十分有害的，因为它们容易误导敏感性较差的读者，以为问题好像已经完全解决了，但在实际上，我认为我们在解决这个问题的道路上很难说已经开了一个头。”唉，鲍林心里想，斯莱特这个人向来就是一个数字迷，解答问题不精确到小数点后第十位，他是不会善罢甘休的，因此，他的麻烦就在于看不清大方向。
但是，斯莱特的看法是很有根据的。在此之前十年，鲍林发表了他的免疫学理论，有人曾想提出这样的批评，只是许多科学家还不敢这样做。
而如今，在公众的心目中，鲍林在DNA问题上所犯的错误已记录在案，他不再是不会出错的圣贤了。
在蛋白质和DNA问题上这一段令人激动的岁月里，埃德加·小胡佛一直在严密地监视鲍林，等待着他犯错误，以便将他作为共产党人揭开他披在身上的外衣。1953年夏季，鲍林像往常一样，经过一番周折和拖延，最终因国务院否定了露丝·希普利的意见而领到了护照，又一次踏上了去欧洲的行程。胡佛警告中央情报局、陆军和海军情报机关、原子能委员会和国务院安全办公室，说这位信口雌黄的化学家将会在世界舞台上无所顾忌地乱说。因此，在鲍林拜访居里夫人的女儿、本人也是诺贝尔物理学奖得主的伊伦·约里奥一居里的时候，他一直受到特工的监视。鲍林得知，伊伦由于受到过共产主义的教育，因而被剥夺了担任美国化学学会外籍会员的资格。鲍林为此感到很恼火，认为这是对一位伟大的法国科学家的轻视，同时也是一个令人心寒的信号，表明现在政治也要在一向被认为超越政治的科学社团中发挥某种作用了。鲍林开始对美国化学学会产生了厌恶之感，考虑是否要从这一组织中退出。
7月，鲍林在斯德哥尔摩出席了纯粹和应用化学国际代表大会。他的每一步行动都有人跟踪。在那里，胡佛认为自己抓到了一点把柄：有人报告说，一个名叫拉斯·西伦的瑞典化学教师，强烈主张建立世界统一政府，邀请鲍林和俄国的一些代表参加了在他家里举行的宴会，谁晓得他们在私下里传送了什么情报？胡佛迅速地通知了美国司法部刑事处，同时还附上了布登兹声言鲍林是美国共产党党员的陈述。他在信中建议道：“上述材料供你们参考，请考虑是不是对此人拒绝承认自己是共产党员一事提出起诉。”
经过一定的考虑，司法部认定，与俄国科学家交杯祝酒，构成不了共产党员身份的证据。由于缺乏其他证据，这位司法部长就把这一案子搁起来了。
9月，鲍林回到帕萨迪纳，开始为国际蛋白质研讨会作最后准备。这一领域的知名人士都答应参加。鲍林个人的魅力，加利福尼亚的阳光，他在过去三年里取得的显赫成就，这几个因素综合在一起，使这次会议成了令人振奋的一大喜事。
鲍林使大家确信，这次会议的开法将截然不同于英国皇家学会的那次会议，对大会发言和反驳的时间将不作限制。在帕萨迪纳举行的这次会议上，每天只报告两到三篇论文，每一报告之后的讨论时间也不作限制。鲍林论述了他的阿尔法螺旋在生物学上的意义，同时还介绍了可能会影响到球状蛋白研究的种种途径；沃森回顾了在DNA问题上作出的最新发现；佩鲁茨全面地阐述了一种颇有希望的方法，借助于这一方法，可以用X射线研究带有重原子漫射的蛋白质大分子。鲍林和爱娃·海伦陪同布拉格夫妇在黄金州①车进行了行程一千英里、为期四天的旅游，饱览了从约塞米特到大苏尔公路沿线的旖旎风光。每个人都有充裕的时间在海滨和山区尽情观光。鲍林还在自己家里举行了一次激动人心的盛大晚会，在他家的草坪上和游泳池边又一次宾客如云。
①黄金州，加利福尼亚州的别称。
这次研讨会讨论的课题涉及的范围很广。与会者谈论得最多的还是DNA的发现及其所开辟的广阔而又新颖的研究领域。早在几个月之前，英国生物学家弗雷德里克·桑格曾经宣布，他已成功地从球状蛋白胰岛素中分割出四条不同的链，并为每条链中的氨基酸确定了顺序——最终地证明了球状蛋白质是由多肽链组成的。鲍林在将近二十年以前就论述过这一点。一年以前在英国皇家学会会议上对鲍林的蛋白质理论提出的大多数疑问，都得到了大家非常满意的解答；大家还对阿尔法螺旋和片层结构的正确性和重要性达成了共识。在此之前，加州理工学院研究组在诸如胶原蛋白和肌蛋白那样的结构问题上，曾经提出过一些设想，但是遭到了英国人的反对。现在，他们主动放弃了这些设想。在这次帕萨迪纳大会上，已经听不到不怀好意的争辩，正如休斯所说，这次研讨会变成了“一次盛大的爱心联谊会”。
在加州理工学院图书馆前面的石阶上，五十名左右与会者拍摄了一张合影，它后来成为分子生物学的先驱者们留下的一帧全家福照片。那时，布拉格是这批人中唯一具有诺贝尔奖桂冠的人。但是，排在他周围的学者中，就有六七个人在接下去的十年中相继获得了各自的诺贝尔奖，他们是：德尔布吕克，比德尔，沃森和克里克，佩鲁茨和肯德鲁，当然，还有鲍林。
X射线晶体学家多萝西·霍奇金的缺席，成了飘浮在会议上空唯一的一片乌云。霍奇金也是一位未来的诺贝尔奖获得者，由于美国国务院的阻挠而未能得到进入美国的签证。她在给鲍林的信中说，她猜想，其中的原因是，她和丈夫积极地参与其活动的英国左翼政治团体太多了。
鲍林开始冲破政治上保持沉默这一自我约束。在1951年末那次就业资格审查委员会听证会以后，他退出了好几个已被列入黑名单的团体，除了一些科学活动以外，他一直回避在公众场合抛头露面。在两年时间里，他放弃了谴责冷战疯狂行为的一切机会——这种场合还是很多的。1951年12月，也就是他下定决心停止政治活动后几个星期，年轻的内科医生理查德·李普曼在阿迪斯过世以后，接替他担任了鲍林的肾科保健医生。他“情绪非常激动地”打电话给鲍林称，他和另外两名医生被洛杉矶黎巴嫩雪松医院开除了，其原因是，李普曼说道，“他们不喜欢我的政治信仰”，李普曼和鲍林不但是医患之间的关系，而且是莫逆之交。鲍林尊重他，不但在于他在肾科方面的研究——鲍林认为他是“全国最为年轻有为的科学家之一”——而且还因为，在鲍林退出国家艺术、科学和专业人士委员会的日子里，他们两人对这一团体的目标持有相同的观点。
鲍林对此事作了进一步的了解，很快就得出结论：李普曼已被列入黑名单。在一次非美活动调查委员会的听证会上，李普曼被指摘为有嫌疑的共产党人。几个星期以后，美国公共卫生服务处就停发了向李普曼提供的用于肾科研究的资助。接着，医院就炒了他的鱿鱼。鲍林很快写了一封信给医院的董事长，对医院董事会采取的行动表示“强烈的愤慨”。与此同时，他又参加了李普曼的一些病人和其他支持者举行的一次集会，准备组织抗议的活动。
要是在早先几年里，鲍林很可能会高举火把走在李普曼的支持者队伍里，用比别人更大的嗓音，滔滔不绝地诉说有关方面对一位很有抱负的年轻人施加的不公正待遇，谴责右翼政治毁掉了此人的前程。但是，这一次他一言不发。当他看到他刚刚退出的国家艺术、科学和专业人士委员会中的共产党员开始操纵这些抗议活动时，他就抽身离开了。李普曼的辩护团邀请鲍林在一次公众抗议集会上发言，他婉言谢绝了，称他自己身体不适无法出席这一次集会。
这是神经脆弱的结果，对于鲍林来说是非常痛苦的。现在，他已溶人自由派人士的大军，在沉默中企盼反共潮流的衰退，耐心等待着时机，紧闭起自己的双唇，心底里却格外同情那些受到时代伤害的人们。然而，除了表示慰问外，他不愿采取更多的行动。他曾用一些迂回的方式发泄过自己的愤懑，并且还花了一些时间筹划成立一个非赢利性的基金会，“完全致力于发现和培养杰出的青年，使之成为思想开放的庇护所”，鼓励“自强、自信，并不为传统思维所束缚”，这就是他对李普曼那样的人表示尊重而采用的方式，但是，他的做法并没有成功。
后来，他又找到了一种直达的支持方式。李普曼发现，那份黑名单已传到纽约。他在那里刚要开始一项新的工作时，就被解雇了。他又回到了加利福尼亚，带着绝望的心情来见鲍林。他征求鲍林的意见，怎样才能找到事情干。鲍林决定直接插手这件事，在加州理工学院为李普曼设置了一个职位，让他担任他的研究项目的助理之一。这是悄悄地进行安排的，没有在公众中张扬。鲍林的良心得到了安抚，李普曼的工作也有了着落。不久，鲍林又用同样的办法安排了另一位很有才华的政治难友，此人名为托马斯·佩利，具有医学学位。鲍林录用这两个人作化学研究，别的方面不说，他们够不够格总也是一个问题，因此，在化学系中，引来了愈来愈多的人背后的议论。说实在话，鲍林这样干，并不是严格地出于科学研究的考虑，他是想证明，自己虽然在政治问题上可以沉默，但他仍然是一个有正义感的人。
但是，在1952年这一年里，他在政治上的克制，并没有使他能生活得更加自在些。在他写信抨击黎巴嫩雪松医院董事长解雇李普曼的做法以后，这位董事长向杜布里奇反映了这一情况。杜布里奇将鲍林叫去训斥了一顿。鲍林为了平息杜布里奇的怒气，向他提醒道，这是他个人的行为，并非是公开的政治声明。鲍林的名字仍列在联邦调查局的治安监视名单上，洛杉矶的特工每天都要在《工人日报》上查看他的名字有没有出现。他们还通过安置在国家艺术、科学和专业人士委员会中的密探，监视鲍林在辛普曼案件中的一举一动，每隔六个月就向胡佛送一份完整的报告。1952年春天，鲍林的护照案已公之于众，一个联邦调查局密探就曾报告说，加州理工学院董事会又再次讨论了开除鲍林的问题，这一次他们考虑是否要中断合约，并且用他年工资4到5倍的金额作为校方向他支付的违约金。后来，他的护照签发下来了，这个方案也就搁置了起来。随后，快到年底时，布登兹在众议院调查慈善基金会的委员会公开指名道姓称鲍林是隐藏的共产党员——在沉寂了一年以后——鲍林的名字又在�