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仍然有不妥的地方。鲍林在加州理工学院的一次讨论班上介绍了他的DNA结构，听众的反应很冷淡；此后，德尔布吕克对舒梅克说，他认为鲍林的摸型是不能令人信服的。他还提到了沃森给他写来的一封信，信中称，鲍林的结构包含了“某些非常严重的错误”。沃森在信中补充说，“我已找到了一个非常漂亮的模型，其精美的程度使我很吃惊，这是以前谁也没有想到过的事。”鲍林希望了解更多的情况，他很快就写信给沃森，邀请他来参加定于秋天举行的蛋白质研讨会。鲍林在信中提到，他已从德尔布吕克处得知他正在研究DNA，因此鼓励他把这一课题做下去。“科里教授和我都认为，我们的结构尚未证明是正确的，”他写道，“不过，我们倾向于认为它是正确的。”3月初，他与爱娃·海伦一起驱车前往加州大学里弗赛德分校，目的是检验一下那里收集到的一组有机磷酸，结果找到了一些可以用于结构分析的材料。这些材料与DNA中的磷酸相似。他还要寻找一些模型，从中了解他那些多面体到底可以变到怎样的程度。克里克讽刺他怎样去维系分子时所用的尖刻语言，促使他收集了一些化学研究的先例，说明在同一分子中相邻离子同带负电荷的现象是存在的。此外，他自己也得找一些理由，说明DNA中心也许有一种特殊的环境，容许磷酸像他提议的那样存在着。对鲍林来说，这仍然关系到磷酸的化学特性。与此同时有人给他寄来了所需要的核苷酸样本。鲍林开始对其作X射线分析。
他最终在为寻找一种合理的结果做奠基性工作。可惜，这一切都为时已晚。
克里克得谢谢鲍林的论文，他终于得到指示重返DNA的研究工作。克里克和沃森两个人各自都拼命地设想了各种各样不同的模型，不过，此时的注意力已集中在双链模型上，因为切加夫曾经提醒他们考虑碱基双双成对的情况。沃森在给德尔布吕克的信中提到的“非常漂亮的模型”就是其中的一次尝试，但是，正如多诺胡指出的那样，那个模型是不对的。
多诺胡发表的看法后来证明是一个关键。作为达特默思大学毕业的高材生，多诺胡从40年代开始就曾长期在加州理工学院跟随鲍林工作和学习，因此，他对结构化学可谓是了如指掌。氢键曾是他专门研究的课题，因此他心里很清楚，克里克和沃森在化学上还只能算初出茅庐的新手，他们两人为鸟嘌呤和胸腺嘧啶摆弄出来的结果是错误的。多诺胡帮助他们明确了方向，将中心氢键上的氢原子放置在合适的位置上，推翻了他们原先设想的模型，促使他们走上了正确地解决问题的轨道。
克里克和沃森经过多诺胡的指点，开始认识到各对具体的嘌呤和嘧啶之间是由氢键自由地连接起来的：腺嘌呤连接胸腺嘧啶，鸟嘌呤连接胞嘧啶。这是最后的一道谜底，其结果闪耀着夺目的光彩。将一个大碱基与一个小碱基配对，不但使整个结构的骨架处于平稳的状态，而且为切加夫的发现提供了一种简单的解释。由此得到的结构犹如一架楼梯，各对碱基就是上面的一步步台阶，糖一磷酸骨架是框架，两者结合在一起，就能方便地形成符合X射线资料的螺旋。
这一种结构不但看上去很美观，而且其含意也非常丰富。两条链互为补充，每条链都是另一条链的镜像反射；将两者分开，每条链就可以作为形成一个新螺旋的基础，这个新螺旋与原来的螺旋完全相同。由此可以立即得到有关DNA复杂的思想，这是鲍林的模型无法做到的，因为在他的模型中，碱基都伸向外侧，彼此之间不相干。
3月12日，沃森致函德尔布吕克，借助于草图作说明，论述了他们设想的新模型。他再三要求自己这位导师不要把此事向鲍林透露，等到他们对这些结果更有把握时再说。但是，德尔布吕克向来就是嘴巴锁不牢的人，他马上就将此信到处让人传阅了。鲍林一面读着这封信，一面在头脑里进行着紧张的思考。他马上就认识到，在卡文迪什设想出来的这一种结构，不但在化学上是非常合理的，而且在生物学上也是十分迷人的。“两个嘧啶各自与相应的嘌呤在结构上互为补充，对这一简洁的想法我颇感意外——当然，这是令人欣喜的意外，因为它在遗传机理的问题上让人豁然开朗起来了，”他这样说道。鲍林还从中看到，自从他1940年与德尔布吕克一道写的论文发表以来，在他一直在思考和著述的一些问题上，已经有人在仿效他使用互补性概念。
亚历山大·里奇在第一次听到有关沃森一克里克结构的那一天夜里，他突然醒来，起身下床走进了办公室。他利用原来堆在那里的分子模型的部件，动手为沃森一克里克的双螺旋制作一个粗糙的模型。他了解到的唯一结论是DNA碱基应当穿过分子的中心，不过知道这一点已经足够了。他很快就将碱基配成了对，看来这个模型的确很漂亮，于是，他摇了摇头，又回到床上睡觉了。
鲍林尽管还不甘心在这场竞赛中认输，但在思想上受到了很大的触动。在读到沃森的信以后几天，他致函一位同事说：“当然，你应当承认，我们的结构还只是一种设想，它可能是正确的，但我们要有真正的把握，也许还得有两到三年的时间……”。几天以后，他收到了沃森和克里克论文手稿的单行本。文中批评了鲍林的DNA模型，结尾处对多诺胡给予的帮助表示了感谢。鲍林将此文从头至尾读了一遍，然后写信给他的儿子说：“我想，为核酸提出了两种结构，是一件好事，我期待着有一天能作出定论，到底哪一种结构不正确。毫无疑问，金斯学院的资料会在这两种结构中否定掉一种。”
此时，他仍未能看到富兰克林和威尔金斯拍摄的X射线新照片，因此，他一直没有作出最后的判断。他不久就会有机会：他正打算在4月份去布鲁塞尔参加一次关于蛋白质的索尔维会议，顺便想在英国停下，看一看沃森一克里克模型，看一看威尔金斯和富兰克林实验室拍摄的照片。在他申领护照时，他的宿敌露丝·希普利又再次作出了拒发的提议。这一次她的根据是，她认为鲍林在就业资格审查委员会的证词表明，他拒绝接受参阅绝密级资料的资格审查。鲍林解释道，他在以前已经通过了绝密级资格的审查，再说，他也愿意再次受审查，但总得与他的工作有关系——在他再次当着她的面发誓否认自己是共产党员以后——他的护照总算得到了批准。
4月初，就在克里克和沃森将论文送出发表后的几天，鲍林来到了剑桥。当天在彼得处过了一夜，第二天就走进了克里克的办公室，第一次看到了他们冲压出来的金属板搭接而成的三维模型。在鲍林仔细地察看模型的过程中，克里克精神紧张地述说着双螺旋模型的特点。鲍林看来又察看了富兰克林为扩张形式分子拍摄的照片。沃森和克里克急切地等待着鲍林的表态。此时，“他表现出一副洒脱的样子，”沃森回忆道，“发表意见说，我们找到了答案。”
对于这两位年轻人来说，这是一个充满喜悦的时刻；但是对鲍林来讲，这是一次不小的挫折。鲍林感到非常惊讶的是，这个井不起眼的研究组，其中一人是资格尚嫩的博士后研究者，另一人是年龄偏大的研究生，竟然为这么重要的一个结构找到了如此漂亮的解决办法。如果他们是正确的话，那么他本人提出的模型将是一个十分荒唐的错误，不但将内外颠倒了，而且连链数都不对。不过，此时他已经认识到，这个卡文迪什研究小组得到的结果几乎可以肯定是正确的。
现在，只剩下一件事他可以做一做：向全世界表明，他是怎样潇洒地对待自己的失败的。
鲍林从克里克办公室出来，吃中饭时碰到了布拉格。在他们用餐过程中，布拉格怎么也掩饰不了内心万分喜悦的心情。经过这么多年矮人一等的经历，他的研究组终于打败了鲍林！后来，鲍林出席了克里克一家人在葡萄牙广场的自家寓所里举行的一次喜气洋洋的宴会。人们自始至终都可以看到鲍林这个人谈笑风生，举止优雅，他衷心地赞美DNA的新结构，显示出一派绅士的风度。他机智地承认自己的失败，同时气度非凡而又不失幽默地接受这一个事实。又过了一两天，布拉格和鲍林一起去参加了索尔维会议——这是一次难得的世界顶尖科学家聚会，由一位比利时企业家赞助——会上，布拉格首次公开宣布了双螺旋结构。鲍林则在自己的发言中热情洋溢地表示了赞同的意见。“尽管离科里教授和我发表我们为核酸设想的结构只有两个月时间，但是我认为，我们应当承认自己很可能弄错了，”他对大会的参加者这样说。“虽然对沃森一克里克结构还可以作一些精细的修改，但我感到，就本质上而言，这一结构很可能是正确的。”
然而，在情感深处，鲍林却心急如焚。在英国，他可以毫无保留地称赞沃森和克里克的工作，但他在私下里仍认为，也许能找到意外的机会，可以证明他本人的想法在经过若干修改后仍有正确的地方。在他4月中旬回国后不久，他关照里奇赶快拍摄DNA的X光新照片，他本人也重新开始对自己模型中各个原子的位置作更加精细的测定。
这是一件毫无希望的事。事实很快就表明，他这样做，实际上是在世界科学的舞台上给人留下了笑柄。在沃森一克里克的论文发表以后，他们立即受到了来自世界各地的称赞和喝彩，而鲍林的模型最终落到了被人抛弃和遗忘的命运。在此之前，鲍林也曾经出过错——特别是在人造抗生素和相对来说不那么重要的几个问题上，还有小分子结构——但是，在这样一个众所周知而又如此重要的课题上，他可从来就未闪失过。况且，作为世界上首席结构化学家，他竟被两个初出茅庐的新手打败了，这一切难道还不是奇耻大辱吗？
到底在哪里出了毛病？
每个人似乎都有自己的看法。彼得认为，问题在于鲍林严格地限于用化学方法研究DNA，一心迷恋于磷酸的包装，忽视了对其生物功能的思考。“在我父亲的眼里，核酸只不过是令人感兴趣的化学品，正如氯化纳是一种有趣的化合物一样，”彼得写道。不过，严格地说，这并非是事实。鲍林在加州理工学院受到过摩尔根的影响，因此从30年代起就开始对基因感兴趣。他曾在1937年谈到过“对染色体结构作一次化学的研究”，并且在40年代后期有关互补性的一次谈话中，就将基因的复制看作为一个处于中心地位的概念。对于基因是怎样复制自己的，他头脑里有一种非常牢固的看法：基因开始时是两种互补结构的复合体，每一种结构是创造另一种结构的基体，两者在一起就构成了这个复合体。他曾经迷恋过自己这一美妙的结构，甚至达到了不能自己的程度，并且估计以后一定会有生物学事实