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光图片的设备，他的工作也受到影响。因此，他在1950年就决定暂不公开发表他拍到的照片，希望将来有机会时。再透彻地分析有关的数据，并要用更好的设备来重新拍摄这一类照片。这样，事情就搁了下来，而奥斯特却将其理解为威尔金斯缺乏兴趣。实际上，在这段时间里，威尔金斯一直在筹建更好的实验设施，并希望取得有关方面的帮助。
时间到了1951年1月，威尔金斯已经搞到了新的设备，并且找到了一个能使用这种设备的人，她就是才能出众的青年晶体学家罗莎琳德·富兰克林。富兰克林曾对难以研究的煤制品一丝不苟地用X光作过精细的研究，并且因此而出了名。遗憾的是，威尔金斯和富兰克林两人之间的关系一开始就磕磕碰碰不和谐。威尔金斯认为富兰克林是他雇来协助他工作的，因此，他马上就把他的X光照片以及他的互光纤维摄影室全部交给了她，同时还将自己的一名研究生分配给她当助手。但是，在富兰克林方面，她以为自己是受雇来展开独立的研究工作的。收到鲍林的来信时，这两个人已经闹翻了，如何进行DNA研究，一时还理不出头绪，因此要回答鲍林的请求就更加困难了。此时富兰克林本人拍摄了质量更高的X光照片，并且以照片主人的身份展开乃DNA结构的研究。威尔金斯也有志于研究这一种结构——他希望得到富兰克林的帮助。威尔金斯心里明白，要是他将照片送给鲍林，他和富兰克林两个人都可能被鲍林打败。他开始注意到，DNA也许是一种螺旋，鲍林已经用过这一种形态的结构使英国人处于尴尬的境地，因此，威尔金斯越想越担心。整整一个星期里，他将鲍林的来信拿起又放下，默默地思考有没有其他对付的力法。最后，他提起笔来回信称，他非常遗憾，他本人希望更加仔细地看一看他保存的资料，然后才能公开这些X光照片。
鲍林并没有灰心，他又写信给威尔金斯的上司朗德尔，提出了同样的要求。朗德尔爱莫能助，回信说：“威尔金斯和另外一些人都忙着要弄清楚如何读懂脱氧核糖核酸的X光照片。无论考虑到他们的研究，还是考虑到我们整个实验室所作的努力，将这些照片交给您，恐怕都是不妥的。”
这已是8月份的事。鲍林将DNA问题放了下来。到了11月，《美国化学学会学报》上刊登了一位名叫爱德华德·朗温的人撰写的一篇论述DNA结构的文章。鲍林一下子就看出这篇文章的结果是错误的。根据鲍林的观点，DNA分子中的磷酸应当有一个磷原子，周围是4个氧，围成一个四面体，这就意味着每个磷连结着5个氧原子。鲍林为了写一篇论文，刚刚复习过一遍磷的化学特性。在他看来，朗温的模型完全是胡编乱造的结果。他向《美国化学学会学报》发出一封信谈论了这一点。事实证明，鲍林是正确的。
更为重要的是，这使鲍林开始思考DNA是如何构筑起来的问题。朗温将磷放在分子的中央，相应的平面碱基伸向四周。这完全是可能的——阿斯特贝里拍摄的X光照片并没有排除这样一种排列的方式——而且这还有助于解决一个重要的问题：DNA的四个碱基有两种大小，也就是两个双环嘌呤和两个较小的单环嘧啶。比方说，这就是一个螺旋，阿斯特贝里的照片已经表明可能就是这一种结构。如果设法将不同大小的碱基排列在一个长螺旋分子的内侧，那就存在如何装配和堆放的问题。将这些碱基朝外放置，就比较容易设想出分子的模型。这与蛋白质螺旋分子的情况正相似，让各个氨基酸侧链在螺旋的中心朝外放，就比较容易得到阿尔法螺旋的模型了。
鲍林设想，如果碱基朝外，那么螺旋的内核就应当是由磷酸堆积起来。的。磷酸聚集在中间，碱基就朝外。这与X射线的资料是吻合的。在读到朗温的论文后，在鲍林的头脑中，DNA结构的问题就已转化为如何将磷酸堆积在一起的问题了。
鲍林再次放下DNA问题而重新回到蛋白质研究的时候，上面叙述的情况就是他已经达到的水平。1951年秋天，他收到了一封邀请信，要他去参加英国皇家学会的一次特殊的会议，专门讨论英国学者就他设想的结构而提出的许多问题。日期定在1952年5月1日。
鲍林非常想参加这一次会议。1951年底和1952年初的几个月，他一直在做与会的准备。他和科里对自己提出的结构，特别是对肌蛋白和胶原蛋白的结构，又进行了试验和修饰，同时还重新进行了思考。就肌蛋白而言，问题的一个方面就在于，从中拍到的X光照片很少是清晰的，因此，鲍林亲自动手并烘干了两百张样片。这些照片大多数是用贻贝作为试验样品拍摄的，这些贻贝来自于设在科罗纳·德尔·麦尔的加州理工学院海产养殖场。根据他新拍到的照片，他得出结论认为，肌蛋白的大部分是由阿尔法螺旋构成的，另外大约有10％的东西在X光照片上看上去有点怪；他和科里打算在以后再弄清到底是什么。至于胶原蛋白，科里准备了一份长达20页的用于内部传阅的资料，证明就是他们两人提出的三螺旋索结构。科里还加倍努力分几个阶段猛攻溶菌酶结构的问题，他希望自己能成为确定球蛋白完整结构的第一人。在这个问题上，鲍林的实验室又再次与布拉格的研究组展开了竞赛，科里的对手就是佩鲁茨和肯德鲁，他们两个人此时正在用血红蛋白和肌红蛋白做着同样的工作。
1952年回月，鲍林开始为他春天的欧洲之行作具体的安排。在这次行程中，除了参加皇家学会的5月会议外，还要去法国图鲁兹大学接受名誉博士的称号，顺道再访问几所西班牙的大学。他向有关方面提出了延长护照的申请。
接下来，又一次发生了一件令人心烦意乱的事。
希普利夫人
1952年情人节，国务院护照处主任露丝·希普利夫人给鲍林写来了一份便笺。“亲爱的鲍林博士：现通知您，本处认真地考虑了您申领护照的请求。但是，政府将不向你颁发护照，因为本处的看法是，您提议中进行的旅行不符合美国的最大利益。”
鲍林读完这份便笺后，心里很恼火，不过并没有吃惊。自从1950年国内安全法通过以来，政府有权拒绝不同政见者出国旅行的要求，护照就成了另一种政治上使用的武器。希普利是胡佛的前任联邦调查局局长的一个妹妹，是一个狂热反共且事事都要讲安全意识的人。她经常利用国务院护照处处长的地位，只要她本人和国务院安全部门——也就是与她有密切联系的联邦调查局——怀疑是走得太远或叫喊得太响的人，她都可以拒绝将护照发给他们。
1950年以后，希普利拒发护照的权力几乎达到了不受任何约束的地步。她可以像一个铁了心的冷战勇士一样肆无忌惮地挥舞她手中的新武器。就在1951年5月以后的一年时间里，她这个办公室就禁止了三百多名美国人出国旅行，有时候连起码的理由都不说一说。其目标很广泛，从美籍非洲裔歌唱家、自己承认的亲共分子保罗·罗伯逊，到印第安那大学病毒学专家和温和派左翼人士萨尔瓦多·卢里安，都不能幸免，受到怀疑的外国人则得不到进入美国的签证，致使国际会议的组织者处于非常尴尬的境地，其中就包括国际化学大会。鲍林对当局拒绝签证的行为公开提出过抗议，同时还加入了专门为抗议国内安全法而成立的一个团体。但是，他这一次在护照问题上遇到的风波可特别难对付，因为他连上诉的渠道都找不到。
希普利则一直在注视着鲍林将会采取怎样的行动。当她在公开谴责她的政策的人的名单上见到鲍林的名字后，就更加横下了一条心。1951年10月下旬，为了答复鲍林先前提出的颁发护照以便让他到欧洲和印度作一次旅行的要求，希普利提议国务院安全办公室进行一次专门的调查。调查的时间不长，目标也很明确。国务院的官员查阅了联邦调查局的有关档案，并且会见了一个不愿透露姓名的人，得知鲍林是“一位知识界空想改革家”，是在他妻子的指使下才参与政治活动的；而他的妻子则“完全是一个政治上的愚民”，她“时时刻刻都要使自己的丈夫相信，他是当今世界上最伟大的三位思想家之一，对于那些消息闭塞的无知百姓，他应当义不容辞地承担起领导的责任，显示自己的能力”。
根据这一信息，希普利认定“有足够的理由相信鲍林博士是一个共产党人”，因此拒绝给他颁发护照。对于情人节那天发生的拒发护照的通知，鲍林愤怒地作出了反应，他向杜鲁门发了一信，要求他“纠正这一做法，督促有关方面将护照发给我。我是一名忠诚自觉的美国公民，从来就没有从事过有损于国家利益或违纪的活动”。他还随信附上了杜鲁门以前颁发给他的军功章证书的复印件。总统秘书在回信中称，这纯粹是护照处的决定，白宫已经要求重新审核。但是，希普利却毫不动摇，杜鲁门办公室就再也没有任何表示了。
4月，为了使事情简单一些，鲍林决定将自己的行程局限于英国，就此写了一封彬彬有礼的信给希普利。信中提出，鉴于当月晚些时候他要到美国东部出差，能否在她方便的时候与她面谈一次。他还在信中谦恭地提到，到华盛顿去的目的是主持海军科研办公室的一次会议。随后，他又请阿伯拉罕姆·林肯·威林为他的案子担任律师。威林和鲍林先后向护照处寄去了就业资格审查委员会关于鲍林的听证会书面记录、俄国人攻击鲍林的书面材料以及他得到的许多奖状的复印件。
但是，希普利的决心已定。4月18日，她再次书面通知鲍林，他的护照不能颁发。
时间已经非常紧迫。英国皇家学会会议定于5月1日举行。4月21日，鲍林和爱娃亲自上访护照处。他们在会客室等了片刻，然后有人将他们领到了露丝·希普利面前。希普利举止僵硬，双唇紧闭。鲍林夫妇心想，她是一位公仆，因而对其彬彬有礼，当然，言辞中也不失坚定。他们要求希普利说明不发护照的原因。鲍林后来回忆时说，她的回答是有关他进行共产党领导的活动的“一个相当含糊空泛的一般结论”。她干脆不让来访者继续询问，明确示意拒发护照的决定是她权限内的事，决定是她亲自作出的，争论下去将毫无意义。然后，她将两人领到了安全和领事事务科科长办公室。这位科长要求鲍林提供能表明自己不是共产党人的书面证据。鲍林请人连夜从帕萨迪纳航空邮寄有关的文件资料，第二天就将这些文件送去了。在这些文件中，有一份就是声明自己不是共产党员的宣誓书。结果，对方冷冰冰地对他说，他们会尽快作出决定。至于到底在什么时间，则无可奉告。
此时，鲍林已经完全绝望，真是欺人太甚！他以受人尊敬的公民身份亲自前来解决问题，但是有人竟敢像对逃学成性的顽童一样对他无礼。
他再次调整了自己的出访计划，打算改乘晚些时候的一次飞机航班。另一方面，他又继续进行抗议活动。他甚至设法让国家科学院院长写了一信。然而，这一切仍无济于事。4月28日，能将他送到伦敦的最后一次航班离起飞只剩两个小时了，他收到了最终决定，他的护照不予签发�