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。董事会最终聘任杜布里奇接替密立根担任加州理工学院院长。此人是鲍林的同一代人，一位熟练的行政管理者，他曾经在麻省理工学院的放射实验室领导了雷达的研制工作。
身居高位，受人尊敬，生活富足，鲍林开始过上了一个领衔科学家的优裕生活。他经常外出旅游，应邀讲学，接受嘉奖，还指导别人在他感兴趣的领域里开展研究工作。免疫化学仍然是鲍林倾心喜爱的研究领域之一，此时坎贝尔在一位杰出的博士后普莱斯曼的协助下，正在为最后确定抗原和抗体的相互作用而加紧工作。鲍林对这项工作倾注了极大的热情，并投入了大量的经费。他还指导依泰诺进行镰状细胞血红蛋白的研究。依泰诺是一个刚毕业的医学博士，他希望在鲍林的指导下再得一个哲学博士学位。鲍林公开宣布他正在寻找有志于从事基础研究的青年医师做他的研究助手。他还把科里召回身边，继续从事氨基酸和小肽分子的结构研究。
鲍林喜欢外出巡回演讲，并有很多这样的机会。化学家开始明白，鲍林对化学的贡献直接改善了他们的待遇。于是鲍林开始得到各种各样的奖励。在战后的几年里，鲍林获得了化学界几种最高的奖项：美国化学学会（东北地区）授予的理查兹勋章；美国化学学会（芝加哥地区）授予的吉布斯勋章，还有英国皇家学会授予的戴维勋章。
戴维勋章对鲍林具有特别重要的意义，因为它意味着鲍林的成功不仅在国内，而且在国际上也得到了承认。鲍林回忆说，战后他在英国的声誉“非常高”，原因之一是由于他对硅酸盐结构的研究成果超过了劳伦斯·布拉格的成果（布拉格那时正领导着著名的剑桥卡文迪什实验室）；另一个原因是由于德高望重的牛津大学化学家瑟奇维克对他的支持。瑟奇维克1931年访问美国时对鲍林的成就印象极深，通过他编着的英国化学书籍，更多的人开始了解鲍林的键价理论。
1947年，在瑟奇维克的大力促成下，鲍林从英国获得了另一项很高的荣誉：牛津大学为期一年的伊斯曼教授职位，由校方支付所有费用，包括随行家属的费用。鲍林很高兴去牛津，但是一年的时间对他来说太长了。他告诉瑟奇维克和牛津校方，他将很高兴从1948年的1月到7月，即该学年的第二、第三学期，到牛津大学讲学。成行之前出现了一个小麻烦：伊斯曼教授职位只能授予牛津大学硕士学位获得者，而鲍林不是。但这个问题通过一点简单的技术处理就解决了。牛津大学很快授予鲍林荣誉硕士学位，这是鲍林一生中得到的唯一一个硕士学位。
更多的荣誉接踵而来。1947年4月，他被提名为美国科学院院长，这是鲍林很希望得到的一个职位。然而由于他即将赴英国讲学，他只得从候选人名单中将自己的名字撤出。没过多久，美国化学学会会员又提名鲍林为该学会主席。这次鲍林听其自然，因为他想自己即使当选，在第一年内也并不实际上任，没有多少事情要做。正式任期要从1949年开始，那时他早已从英国归来了。
尽管鲍林自己并不在乎美国化学学会主席的职务，但获得提名这件事却再一次证实了他在化学界的崇高地位。在长达20年的时间里，他所从事的化学研究终于从边缘旁支发展成学科主流，而这一结果主要是由于他作为理论家、著作家和演说家的杰出才干促成的。现在他已变成全美以至全世界最出名和最受人尊敬的化学家之一。1947年12月底，选举结果揭晓，他以较大的优势当选为美国化学学会的主席。
对鲍林当选表示不满的只有一小批反对鲍林的化学学会会员。对于一个纯学术组织来说，他们反对的理由是很不寻常的：他们不喜欢鲍林的政治观点。
13 政治科学
日本人之友
在整个战争年代，鲍林在与家人短暂相处以外的时间里，唯一关心的事情总是科学。但是，战争结束之后，鲍林的经济条件得到改善，学术地位达到巅峰，他开始有暇他顾，此时爱娃·海伦对他的影响开始表现出来了。
爱娃在战争期间的活动逐步带上了政治的色彩。珍珠港事件后，她惊恐不安地看到一股反日歇斯底里笼罩着加里福尼亚。她从报上看到那些日裔美国人家庭遭到威胁，住房窗户被砸碎，墙上涂满了侮辱性语句，他们的孩子遭人唾弃。美国政府计划将沿海地区的日籍公民和日裔美国人统统赶到建于海岛上的集中营去，尽管没有任何证据说明这些人是日本间谍或干了什么坏事。爱娃认为，政府的这种政策是彻头彻尾的种族主义。这件事成了鲍林家饭桌上的中心议题。爱娃告诉孩子们，一个国家的政府在战争期间可以变得怎样的残酷无情。鲍林开始时对此毫无兴趣。爱娃回忆说：“他太忙，根本不知道周围事态发展的情况。”然而爱娃的执着和激情终于感染了鲍林，他很快也认清了美国政策的实质。美国政府说，这样做的目的是保护敏感地区免受日本人的破坏，同时也为了保护那些忠于美国政府的日裔美国人免受愤怒的白人邻居的伤害。然而鲍林和爱娃一样，认为政府的这种做法完全是因为日本人的不同肤色。爱娃说：“在美国竟会发生这样完全违反宪法的事情，真叫人难以置信。”
爱娃全身心投入了反对拘留令的运动。她志愿参加当地的美国公民自由协会，打印信函，分发邮件，鼓动亲友，努力提高公众觉悟。但她的努力于事无补，到1942年，拘留令终于正式颁布实施。西海岸地区的日裔美国人被集中遣送到了海岛上的集中营。
使鲍林亲身感受到事态严重性的是他的一个名叫池田的日裔美籍研究生的遭遇。池田参与了鲍林的免疫学研究，是制造人工抗原的专家，也是鲍林实验室里最有才干的人之一。他不愿到铁丝网后面的营房里消磨岁月，于是请求鲍林帮助他离开沿海禁区以继续自己的工作和学业。1942年整整一年，鲍林到处联系，帮助池田在东部谋取一个职位。“池田是一个讨人喜欢的青年，完全像一个地道的美国人，”鲍林在给哥伦比亚一个同事的推荐信中这样写道，“如同相信任何一个在美国出生的日本人一样，我对他的忠诚毫不怀疑。”由于美国当时与日本处于交战状态，要找到一个愿意接纳池田的学校难上加难。然而最终他还是为池田在东海岸觅得一个职位，使他免受拘留厄运。但鲍林为此付出了代价：他必需用加州理工学院的经费支付这个年轻人的工资。
鲍林评判人的标准是看他的知识和能力，而不是他的肤色。因此当他看到种族歧视的表现，特别是看到政府也在推行这种政策时，就特别感到不安。然而，尽管妻子爱娃在战争期间志愿为美国公民自由协会积极工作，他自己一直专注于科学研究，但是在1945年3月，为了照顾一个日裔美籍人，他家竟然遭到了一次报复行动的袭击，此后鲍林的态度就开始发生了变化。当时公民自由协会洛杉矶分会询问爱娃，她是否能为一个刚从集中营获释、并应征赴歇尔贝军营人伍的日裔美国人提供几天短期的工作，爱娃表示乐于提供帮助，让那个人来家中当两天园丁。于是这个腼腆的日裔青年怀着感激之情来到梅德尔山的鲍林宅第，在院子里做些修剪和清洁工作。他只呆了星期五和星期六两天，随后便去了军营。
哪知星期一的早晨就出了事。鲍林14岁的儿子彼德跑进屋子，气喘吁吁地对着父母大声喊叫：“你们快出去看呀，车库被人涂得一塌糊涂！”鲍林出去一看，简直不能相信眼前的一切，有人在车库门上涂抹了这样的大字：“美国人该死，我们爱日本人，日本人在这里做工。鲍林。”上方胡乱画着一面日本旗，还在邮箱上涂写了“日本人”三字。
鲍林迅速查看了现场，马上打电话报警，并通知了新闻记者。他对记者说：“我不知道谁干了这种有失美国人体面的事情。然而，我怀疑有些心术不正的人认为美国公民也应该遭受迫害，就像德国犹太人遭受纳粹迫害一样。我想这次丑行就是这类人干的。”
报纸刊出鲍林将帕萨迪纳入比作纳粹的报道后，鲍林家就开始不断接到恐吓信和恐吓电话，威胁他们“立刻赶走那个日本人”。鲍林一概不予理睬。不久，一封打印得十分粗劣的短信寄到了鲍林的办公室：“除非你立即赶走那个日本人，我们将烧掉你的房屋，摆平你的身子！……日本人杀死了我的父亲，真可惜他们没有强奸你的亲人。假如你胆敢将此事在报上大肆宣扬，我们将马上收拾你广信的末尾署名”一个邻居“。
鲍林其时正准备去首都华盛顿进行一次例行访问。爱娃得知这封恐吓信后，认为不能在他离家期间毫不设防，于是打电话给当地治安官员寻求保护。接电话的官员却这样回答：“呢，关于这件事，这是你们雇佣了日本人的结果。”
爱娃感到震怒，她立即打电话给美国公民自由协会的朋友们商议对策。迫于律师的压力，治安部门给鲍林家派了一名武装岗哨，并保证将那封恐吓信送交联邦调查局进行调查。就在鲍林准备离家的时候，调查局派来了特工人员。他们向盛怒之中的爱娃查问她觉得谁可能写了这封恐吓信。爱娃向他们发表了一通义愤填膺的长篇讲话，控诉政府的拘留营政策及其对公民自由造成的威胁。特工们耐心地听着，并记下了她的结论性意见：“整个法制体系相当脆弱。”而轮到鲍林说话时，他则冷静地列出了那些可能知道他家雇佣了一个日本园丁的人的名字。
此后没有发生更多的事。两周后，武装岗哨被撤除了。联邦调查局一直未能查出恐吓信的作者，而且警察局也未彻底调查污损鲍林家车库的肇事者。
尽管事情这样过去了，但其影响十分深远。鲍林在东部逗留期间，整天为自己妻儿的安全担心。派武装岗哨站在家门口值勤，这在美国是极不寻常的一种做法；当地治安官员的反应更是使人气馁。鲍林从小受到的教育是要相信政府官员会采取正确的行为，而现实却是必须由律师出场才能维护法律。此外，鲍林还学到了重要的一课：通过像美国公民自由协会这样的志愿者组织在外部施加压力，是能够干成一些事的。
最重要的一点是，如果说，他过去还认为爱娃的政治活动有一点走极端，那么现在事实证明并非如此。那些出于狭隘和偏见对他家进行威胁的人才是真正的极端分子。
用后来通行的一个术语来说，这是一次使鲍林“激进化”的经历。而且，这仅仅是开始。
儿童十字军
五个月以后，随着广岛和长崎被原子弹所毁，鲍林的社会正义感更加提高了一步。鲍林对原子弹的出现从两个方面感到兴趣。开始时，他急于了解原子弹爆炸的物理和力学原理。他通过阅读一般性的介绍文章和一份非正式的名为《用于军事目的的原子能》的政府报告，再利用自己的直觉，终于弄清了有关原理。他惊讶地发现，原子弹相对说来是很简单的，至少在理论上是如此。‘
当时很多美国人像鲍林一样渴望了解原子弹的技术原理。作为一种比过去的任何武器都要强大几百倍的新式武器，原子弹也点燃了公众兴趣的火球。每个人都想了解科学