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到这个阶段，鲍林确信他的互补性理论已足够解释所有的生物特异性。他已找到了一种通过标准的化学语汇来解释生命本质的方法。从酶的作用到基因的复制等各种生命现象，用不到寻找新的物理定律，鲍林一次性地给出了合理的解释。生命从其根源来说，就是一种精确的分子结构。鲍林的这种朴实的观点以及他从化学角度对生命现象作出的解释，成为20世纪科学史上最深刻的发现之一。鲍林的理论确立了分子结构理论的中心地位，并成为通向分子生物学的发展道路上一座重要的里程碑。鲍林预言，分子生物学的基础将是互补性分子的相互作用理论。
然而，在那个时候，似乎没有人认真听他讲话，说得确切一点，是大多数人对他所讲的内容的重要性不甚了了，他们缺乏必要的知识理解它。40年代后期的生物学家对物理化学这门学科只懂得一点皮毛，而多数化学家又从来不把蛋白质看作是化学物质。分子生物学家亚历山大·里奇这么评述：“当时的大多数生物化学家不知道何谓范德瓦尔斯力，也不知道氢键和静电势。”鲍林跨越了这么多学科的界限，使用了这么多种不同的科学语言，只有一小部分学者能够听懂他的报告。
其次，他所讲的东西尚未经过验证。到那时为止，还没有研究者确定过任何一种蛋白质的氨基酸链，也没有结构化学家或晶体学家即或只是粗略地描画过鲍林所说的那种互补性形状。蛋白质的详细形状仍然是一个谜。当时已知其三维构形，且与蛋白质稍微有点关系的物质，只是由鲍林小组研究确定的几种氨基酸分子和肽分子。无人知道基因是怎样形成的，更不知道它是怎样工作的。有关酶作用的可靠数据刚刚开始发表。在对蛋白质结构的细节知之甚少的情况下，可以进行各种猜测，但很难作出明确的判断。鲍林自己也认识到这种情况，因而每每在结束报告时，总要指出当务之急是对蛋白质的形成过程进行更深入的探讨。在这一时机到来之前，鲍林仅限于口头报告自己的见解，不想写成论文到那些要对文章进行评审的杂志上发表，尽管后者的影响要大得多，比如可产生如同他关于变性和抗体结构的论文那样的重大影响。鲍林要等到他的一般性理论有了更多的实验结果作为佐证的时候才写成论文发表，战争一结束，鲍林即指派尼曼对他关于酶的假设进行实验验证，但这个青年学者很快失去了兴趣，转而从事其他工作了。此后，鲍林一直在努力寻找适当的人员开展镰状细胞血红蛋白的研究。
在此过程中，鲍林始终坚信自己所走的道路是正确的。他在1947年这样说：“有关生物力来自结构互补性的理论存在着非常有力的证据，并且我认为分子互补性很可能是机体内部形成生物特异性的唯一机制。”到1948年，他告诉公众：“我相信我们可以利用分子结构理论来理解生命机体的这些性质，并弄清楚生命的本质（但意识除外）。”
人生的峰巅
鲍林和比德尔是代表战后美国科学事业乐观向上和兴旺发达的两个著名人物。第二次世界大战以后，美国在基础科研方面占据了世界上无可争议的领先地位。德国科技界在希特勒的统治下陷于瘫痪，战争也使欧洲许多重要的研究中心遭到了严重破坏。那些未遭破坏的，比如著名的剑桥卡文迪什实验室，也已经日薄西山，经费窘迫。在那些致力解决温饱和恢复战争创伤的国家里，基础科学不可能被置于优先考虑的位置。
然而，在战后的美国，科学家们却处于金钱和荣誉的包围之中。他们被尊为民族英雄，他们发明的火箭、雷达和炸弹帮助联军赢得了战争。在战后的欢庆氛围中，他们倍受人们的崇拜。科学家——特别是原子能专家——的事迹频频出现在报刊杂志上，他们应邀到俱乐部演讲，参加国会山的鸡尾酒会并成为引人注目的贵宾。这真是一个令人陶醉的年代。
深受其益的美国政府醉心于创造一个由取之不尽的原子能支撑起来的繁荣富裕的新时代，打算继续大力资助科学研究。以前无力开展的几百万美元的大项目，其中最突出的如原子对撞机和核反应堆，突然都得到了批准。要是能提供足够的经费，那末只要一声令下，谁知道科学家又会创造出怎样的奇迹呢？
1945年，罗斯福病逝，杜鲁门接任总统。他上任后最先做的事情之一就是要求布什——他作为科学研究和发展局局长组织了战时的科研工作——准备一份关于战后科研发展计划的报告。布什并没有简单地以一纸公文应付了事，而是把这当作改变战后科学事业面貌的大好机会来认真对待。他召开各种专家小组会议（包括医学研究方面的帕尔默委员会会议，鲍林也应邀参加），让专家们就不同的研究领域提出建议，然后集思广益，汇总成一份有很强说服力的长篇综合性文件，他把文件定名为“科学——广阔无垠的疆域”。计划的最后提出了建立国家研究基金的建议。通过该项基金，由专家小组来决定如何分配纳税人的钱，以便在决定项目资助时排除政治压力的影响。布什指出，只有通过这种方式，即由科学家向科学家发放经费，才能使由政府资助的基础科研不受外界干预，有关学者就能自由地开展研究活动。议会里的批评者指责该计划缺乏根据，并抓住布什建议的拨款数字大作文章。布什建议，第一年科研拨款3300万美元，以后逐年递增，到第五年增加到12000万美元以上。一位议员很快给计划起了个别名“科学——无穷无尽的开支”。鲍林与此相反，热情地支持布什的计划。他特别关注战争带来的在培养青年科学工作者方面的断层——1945年，加州理工学院的学生中只有六个专攻化学——他相信必须由政府干预才能纠正这种状况。如果不采取措施，或采取措施不及时，就有可能造成人才短缺、后继乏人的局面。鲍林甚至建议像战时征兵那样征集美国青年参加科学训练计划，或者更现实一些，通过拟议中的研究基金把经费转拨到科学教育中去，这样就能避免幕后交易降低项目质量，而按照鲍林的观点，这是许多政府项目的共同特征。鲍林参加了全国性的“支持布什报告委员会”，在布什计划交付议会立案后，鲍林还参与组织了声援集会和写支持信的运动。
战后时期，鲍林很快变成了一个具有很高知名度和影响力的科学家。战前，鲍林关于化学键的理论真正懂的人还不多，然而现在，由于他的专着《化学键的本质》影响日隆，很多人能跟上他了。他的这本著作成为战后研究生和青年学者，特别是那些从事分子结构研究的人的必读书。
1947年，鲍林完成了全一册的大学化学通用教科书《普通化学》。该书的问世产生了巨大的影响，成为化学教育史上的一个里程碑。《普通化学》是第一本全面按照量子物理理论撰写的大学化学入门教材，又是第一本把读者从一般的理论原则——从他的键价理论开始——逻辑地引导到丰富的客观实例的教本，还是第一本用化学键和分子结构理论作为主线组织全部内容的化学著作。鲍林采用他一贯的通俗易懂、生动活泼的写作风格，并首次附加插图，其中就有在他指导下由插图家海怀德绘制的十几幅精确的化学结构图，使分子结构直观地显现在读者面前。在他这本著作中，分子不再是抽象的符号，而成了带有自己个性的活生生的对象，每种分子都有自己的大小、形状和独特的结构。
这本书推动了大学化学课程的改革。由于鲍林本人崇高的声誉，教材一出版就被广泛采用。当教师进一步发现新教材的优越性后，这本书就更受欢迎了；不过，对于原定的读者对象来说，这可不符事实。《普通化学》是鲍林根据他理工学院教一年级化学时的讲稿整理而成的，对其他大学的一年级化学课程来说，其中很多内容过深过难。经过几年的使用，这本书最终成为一本更适合于高年级学生使用的畅销教材。它的各个版本销路极广，以至出版此书的旧金山弗里曼出版公司也大出风头，从原来默默无闻的小公司一跃而成全美教科书的重要出版商之一。本书的广泛传播还使鲍林的名字走进成千上万在战后时期涌进大学的青年学子的心中，成了现代化学的代名词。
这本书的版税也使鲍林初尝富豪之味。从此开始，他有钱享受舒适豪华的生活。他有钱在他位于山坡上的寓所院子里建造一个大型游泳池——孩子们称它是“用《普通化学》建造的池子”。他有钱经常出外旅游。随着身体的好转和声誉日盛，他应邀外出讲学和开会的次数也与日俱增，他的孩子越来越难见到他了。他的工作日程又被排得满满的，以至他对家人明确规定，除了吃饭，不准以任何事情打扰他。为了适应他的繁忙工作，全家的生活节奏都被打乱了。他家的一天一般是这样度过的：清晨，鲍林醒来后立即步入书房，爱娃则忙着为孩子们张罗早餐。孩子们吃完早饭，爱娃按书房门铃通知鲍林用餐。早餐后，鲍林驾车离家赴理工学院上班，有时顺路把孩子们带去上学。下午3点左右鲍林回家，有时顺路捎带一个孩子回来。回家后他立即把自己关进书房，在那里工作，看报或听新闻广播，直到海伦按铃通知他吃晚饭。饭后帮助收拾完盘子，他又进入书房，孩子们上床睡觉后，他仍在书房工作。
不管是工作日还是周末，鲍林都是这样工作的。实际上，孩子们与他交谈的唯一机会是搭车去学校或者回家的路上。这时候，鲍林会问一些与功课有关的问题考考他们。他对克莱林的聪明伶俐印象很深，这个小男孩有时会玩弄小聪明使鲍林惊喜不已。小克莱林非常希望鲍林像人家小朋友的父亲一样，跟他一起玩耍，周末带他外出度假，但是鲍林做不到这点。小克莱林放学回家后，只能偷偷地躲在父亲书房的门外，听父亲对着一架录音机口授文稿。克莱林回忆说，他小时候关于父亲的最深印象就是“他一回到家里，就对著录音机里的‘逗号’先生说话。”
在鲍林的名声节节上升之时，一些重要的老一辈化学家开始陆续谢世。曾经耐心教会鲍林X射线晶体学的迪金森于1945年英年早逝。第二年，鲍林的导师、楷模和朋友路易斯在做实验的时候猝死于突发性心脏病，被人发现时已蜷缩在实验桌下面。鲍林说，“他的死对我是一个巨大的打击。”1948年托尔曼死于脑溢血，这离他复员回到理工学院仅一年时间。
领导权开始转移到鲍林一代人手里。为加州理工学院在1946年初开始物色人选接替密立根的院长职务时，至少有一个支持者提出了鲍林的名字，这个支持者就是爱娃·海伦。她对每一个愿意倾听的人宣传鲍林是一个十分杰出的院长人选。然而鲍林本人倒不大愿意让行政工作来耗费他的生命，因此并没有为得到这个职务而进行游说。董事会最终聘任杜布里奇接替密立根担任加州理工学院院长。此人是鲍林的同一代人，一位熟练的行政管理者，