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鲍林感到非常恼火，然而又不想陷入是非之争。他希望研究所的人自己把问题解决。1978年上半年，研究所内部不和达到高潮，他和爱娃外出旅行的兴味却更为浓厚——年初又到苏格兰跑了一趟，仍然试图劝诱卡梅隆来美国；随后又花了几大时间到古巴一游——他实在不想卷入研究所里争夺行政领导权的斗争漩涡。
此时，根据鲍林的看法，鲁滨逊也的确很不像话。鲁滨逊原本主持对老鼠的喂食、维生素C和癌症的研究。试验方案都是他与鲍林一道设计的。其想法是，向不同试验组的老鼠喂食不同剂量的维生素C，其中有一组老鼠则用海水拌和食物喂养。然而，到了1978年，鲁滨逊却自作主张扩大了试验的范围。启发他这样做的是他与一对有钱的夫妇进行的一次谈话。丈夫名为阿诺尔德·汉姆斯伯格，妻子叫埃蒂·梅伊，他们对另一种药物颇感兴趣。埃蒂·梅伊患过癌症，她本人认为，她从一本名为《怎样用自然的方法征服癌症》一书学到一点经验，就是大量吃水果、饮果汁和生吃蔬菜，结果她把病医好了。因此，这对夫妇要求圣克鲁斯的这家分子矫正研究所推广他们的做法。
鲁滨逊决定用几组老鼠试验一下这种饮食疗法，除了让这些动物服用维生素C之外，专门喂食生的水果和蔬菜。当鲍林得知这一做法时，很不高兴。一方面是因为这与汉姆斯伯格夫妇有关，他对这两个人没有好感；另一方面是不满鲁滨逊整理出来的数据。从对老鼠进行的试验得到的初步资料表明，使用的维生素C剂量很高，相当于一个人每天服用50克的剂量时，老鼠身上癌肿的数量和尺寸大大降低；但减小剂量，与一个人每天服用3克到10克的剂量相当时（这也是鲍林建议防止感冒和治疗癌症所用的剂量），其效果看来正好相反，癌症的感染率提高了，有一组老鼠的发病率几乎提高了一倍。鲁滨逊对此提出了一种解释，目的是要鲍林放心，也许是因为老鼠体内就有一种合成抗坏血酸的能力，因此，在饮食中添加的维生素剂量较小时，也许就关闭了体内的合成功能，反而形成了维生素C不足的情况，因此在喂养的食物中一定要添加很高剂量的维生素C。
使鲁滨逊更感兴趣的是，他注意到，汉姆斯伯格夫妇建议食用水果和生吃蔬菜的方法似乎还有一种辅助作用，进一步增强了单用维生素C的保护作用。鲁滨逊与汉姆斯伯格夫妇的关系日益亲密。他们曾经谈起要推广基于这些结果的癌症治疗方法，搞一些饮食疗法的配方，包装上打上经过莱纳斯·鲍林科学和医学研究所批准的字样。
鲍林得知这一消息时，真是火冒三丈。“我把他（指鲁滨逊）找来，对他说，‘你不能这样干——竟然将研究所与一些用某种不寻常的方式行医的人联系在一起。这无论如何不行，必须赶快歇手，”他记得自己当时是这样说的。除了希克斯和另外一些人一再告诉鲍林的一些事情以外，鲍林也的确感到，他这位从前的门生，经他一手提拔，当上了研究所所长。他现在搞的研究项目经过改头换面，已不是鲍林原先计划的事了。
1978年6月12日，鲍林交给鲁滨逊一份书面通知，要求他和希克斯在作任何重要决定时必须先和他商量。鲁滨逊读了这份通知以后几个小时，就把希克斯解雇了。
6月19日，鲍林以研究所理事长的身份，要求鲁滨逊辞去所长之职，并且离开研究所一段时间，以免干扰重新成立行政机构的工作。鲁滨逊要求给他30天时间考虑自己的做法，鲍林同意了。
7月初，鲍林向研究所全体工作人员发布了一份公告，要求他们不要听从鲁滨逊可能发布的任何命令，并且通知他们说，希克斯现在是研究所首席行政官。第二天，鲁滨逊发布了他自己的公告：“根据研究所的公司法条款和内部章程，我是首席行政官，”他这样写道。“无论是鲍林博士还是希克斯先生都无权解除我的职务。”
各种各样的传闻沸沸扬扬。8月15日，研究所理事会请来了律师，选举莱纳斯·鲍林担任所长兼经理。第二天，鲍林通知鲁滨逊，他开始接管对老鼠试验的工作。
九天以后，鲁滨斯提出诉讼，控告莱纳斯·鲍林研究所和五名理事会成员，其中也包括鲍林，要求赔偿2550万美元。
分裂是怎样出现的？双方在后来作出的解释中各执一词。鲁滨逊将根子归之于对老鼠的试验，称鲍林不希望发表这样的结果，即维生素C除了有抗癌作用外，还可能存在副作用。不过，鲁滨逊对自己试验的结果分析了一种可能的原因，鲍林后来在发表老鼠试验的结果时采用的就是这一种解释。
性格的不合起了一定的作用，特别是在希克斯和鲁滨逊之间，水火不相容。大家都认为，鲁滨逊相对来说缺乏行政管理的能力，这也是一个产生矛盾的因素。“我认为，这一矛盾的本质和根源都在于鲁滨逊那种独断专行的作风，”祖凯康德尔这样评论说。祖凯康德尔与鲍林合作撰写了关于分子进化的论文，最终将接替鲁滨逊担任研究所所长之职。“在关系到研究所的重要决策中，他总想自作主张，……不大肯征求鲍林的意见。”
也有一些更深层次的原因。研究所就是鲁滨逊的生命和未来。只要研究所的大权执掌在自己手中，他就是生活的主人，就可以摆脱鲍林的阴影，树立起自己的形象，不再是听从鲍林指挥的二把手。如果说，他以前曾经担当过鲍林儿子的角色，那么他现在要成为他的竞争对手了，这几乎有一点六亲不认的味道了，阿特·鲁滨逊要搬掉这个父亲般的人物，目的是要一手掌管他们两人都视为珍宝的东西：研究所。
但是，对鲍林来说，哪怕是得意的门生，其重要性也比不上自己的声誉和研究。当他看到自己似乎有被晾在一边的时候，他开始反击了。“在此有人指出，阿特已经习惯于将研究所当作他私人的财产，”鲍林对一位记者说。“也许他以为我上了年纪，不中用了，只配坐在一棵树下抽烟了。”
鲁滨逊终于被撵出了研究所，但是，他在法律上不愧是一位难缠的对手。他递交的诉讼状，几经修改，一共有八份，要求赔偿的总数高达6740万美元。这个案子前后拖了好几年，他的身心也全部泡在其中了。他现在的任务是，扳倒他曾经帮助创建的这一所大厦，鲍林的研究所理事会毁了他的学术前程和职业生涯，他要让他们付出沉重的代价。
研究所方面的人也许这样想，时间一长，鲁滨逊的精力和钱财耗光了，他自然就会感到厌倦，事情也就不了了之了。但是，鲁滨逊和鲍林一样，仍然不断地出现在研究所的工作场所。他将自己一手购买的计算机用于赚钱的研究项目，将这些原本用于尿样分析的仪器变成了商海鏖战的工具。据他本人的估计，在接下来的几年里，他用这种方法一共赚了50万美元，这笔钱足够支付他夫妻两人的日常生活和打官司所需的开支了。
对研究所来说，这可是一场灾难。几十万美元当作了法律方面的费用，而其中大部分来自以前募捐所得。诸如（巴龙）那样的金融报刊和一些科学刊物对这一案子所作的报道，也给研究所的名誉带来了不可估量的损害。况且，鲁滨逊仍不肯罢休。
对研究所来说，也不是只有不好的消息，特别1978年年底的时候，卡梅隆接受了多年来一再向他发出的邀请，终于来到了加利福尼亚，在研究所担任为期一年的访问教授。对许多工作人员来说，这就像是春风扑面。鲁滨逊走了，那种一触即发的气氛也随之消失。相比之下，卡梅隆为人和善，热情大方。他和鲍林一直忙于修改一篇论文，其中总结了卡梅隆用大剂量维生素C治疗癌症病人的有关结果；为了避开有些人的挑剔，他们删去了那些缺乏对照试验的病例，并对原先测定的患者存活率作了适当的修改。这样，试验的结果比以前似乎更有说服力了。服用大剂量维生素C的病人，与没有服用的病人相比，平均多活了将近一年。在接受维生素C治疗的患者中，有8位病人在被宣布为“病人膏盲”以后，又活了三年以上；对照组的病人却没有这样的案例。这篇经过重新加工的论文，像往常一样拖延了一段时间，终于在1978年9月号《国家科学院学报》上正式发表，编辑部的一位编辑还附上了一篇批评的文章，强调指出，运用历史性资料作为对照组进行的试验，与经过随机选择的双盲试验相比，有效性是值得怀疑的。
随后，鲍林和卡梅隆又开始着手将他们的思想撰着成书。这件事情帮助鲍林暂时摆脱了正在进行的法律诉讼给他带来的烦恼。发生在研究所外面的事情也喜讯不断。鲍林作为现代化学之父的地位由于一系列新的嘉奖而得到人们的承认。《时代》杂志甚至在一篇专门的文章中赞扬了鲍林。这篇文章提到，一些美国知名人士列举了他们认为最有效地改善了人们生活的领袖人物。历史学家科马吉提名鲍林，他对读者说，鲍林“将科学探索和道德领域里的伟大功绩结合起来，通过几乎是18世纪的方式”发挥了领导的作用。加州理工学院院长杜布里奇的提名是天文学家卡尔·萨根。
鲍林以前在促进禁止核试验的运动中，巡回演讲的内容都已标准成文；现在，为了推广维生素C，他在作巡回演说时也有标准的讲稿。首先是介绍斯通关于大剂量抗坏血酸的进化论观点，然后批评美国政府在维生素营养问题上倡导了一种没有道理的方针。他会指出，在实验室喂食猴子的标准食谱中，应当将联邦当局规定的维生素C含量（相当于人的日荐量）增加20倍。他还会告诉听众说，当局也许希望实验用的猴子能保持健康的状态，因为它们与人不一样，更换一批是要花很多钱的。
接下去，他会出示一套较大的试管，其中装满了不同剂量的维生素C粉末，表明像普通人那样大小的各种动物每日体内会产生多少维生素C。他对听众说，一头重为刀公斤的山羊，每天在体内会产生13克维生素C，大约可装至半根试管。他说，身材差不多大小的一个人体内产生的维生素C有这么多，此时他举起了一根空空的试管。然后他又举起装着只有零星一点维生素C粉末的试管，这就是美国食品和药物管理局建议我们每天补充的数量。“这头山羊体内制造的数量是食品和药物营养委员会日荐量的330倍，”他说。“我想，这头山羊关于这一点懂得的知识比这个委员会要多。”
然后，他会告诉听众说，目前他本人每天服用的剂量是10克，他是随着自己对维生素C的知识逐渐增多而逐步增加到这一剂量的。既然他自己写的书本上建议的剂量只有2克左右，他为什么还要服用那么多维生素C呢？你们不必理睬从我的书中读到的内容，“他说，”因为我在写这些书时，我不得不谨慎一些——对这个问题我只能一步一步来，否则会吓坏那些医生的。“
尽管在科学上还存在着争议，公众却听从了鲍林的意见。正如鲍林一样，成千上万的人发现，每天服用1克以上维生素C，他们感到更有精神了，抵抗疾病的能力也有所提高。维生素C的消费量不断上升。在30年代的十年里，需求量增加得很快，尽管供