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战后，人们把731部队通称为“石井部队”，是由于这里的大规模设施和组织，都是根据部队长石井中将的创议而设置的缘故。
从1939年建成一系列设施起，约有2600余人在731部队从事细菌战的研究工作。其中大部分人是由日本内地大学医学部、医科大学或民间研究所派遣来的研究人员和学者。他们的身份是军队职员或工程师。
部队里设有19个令人毛骨悚然的研究作业班，按照现在的说法，就是“课题研究组”，过去任何书刊都没有发表过它的全貌。整个组织情况如下：
特别班：负责管理“马鲁太”①
①“马鲁太”系731部队内对在押活体实验用人员的称呼，日语原意为“圆木”，在这里把人视为任其随意使用的实验材料。一旦被送进731部队，无论哪国人，都不再称呼人的姓名，而称XX号“马魯太”了。——译者
第一部：笠原班，研究病毒
田中班，研究昆虫
吉村班，研究冻伤
高桥班，研究鼠疫
江岛班，研究赤痢
太田班，研究炭疽
凑 班，研究霍乱
冈本班，研究病理
石川班，研究病理
内海班，研究血清
田部班，研究伤寒
二木班，研究结核
草味班，研究药理
野口班，研究立克次氏体（斑疹、伤寒等病原体）
第二部：八木泽班，研究植物
烧成班，制造炸弹
第四部：柄泽班，制造细菌
朝比奈班，制造伤寒及疫苗
在东乡部队时，原来已经确定了这些研究班的正式编制名称，如“第一部细菌课”、“第一部病理课”等。但是东乡部队改称731部队以后，完全隐蔽了正式课名，从保密要求出发，只称呼班名。
这些班名是部队内部使用的一种“隐语”，正式编制名称是第一部下属14个课，如第一部田部班是第一课；凑班是第二课；江岛班是第四课；高桥班是第五课；石川班是第七课；吉村班是第八课；二木班是第十一课等。
在“课题研究组”编制表最前边列出了一个“特别班”负责管理“马鲁太”。
“马鲁太”是什么呢？
被剥夺了人格的“人”
所谓“马鲁太”就是指关东军宪兵队和特务机关以及它所管辖下的“哈尔滨保护院”里关押的苏联人、中国人和蒙古人俘虏（也包括朝鲜人）。
关东军宪兵和特务机关逮捕了潜入中国各地的苏联红军情报军官、在作战中成为俘虏的中国红军（八路军）干部及战士、为反对日本帝国主义的侵略而参加抗日运动的中国记者以及学者、工人、学生乃至他们的家属等许多人。
关东军把捕获的俘虏叫“马魯太”，一律以特种转移的方式由各地送往731部队“口”字楼内的特设监狱之中。
被关东军逮捕的爱国者们，遭受非人的待遇，仅仅是被当做一块圆木头来使用的“马鲁太”。
由于是“马鲁太”，也就无须有人的姓名。凡是送往731部队的“马魯太”，每个人都编上一个三位数字的号码。然后按编号分给前面谈到的各个班，归各班所有。根据研究目的的需要，他们把“马鲁太”当做进行活体实验的“材料”来使用。
对部队的各个班来说，“马鲁太”的经历、人格自不待言，就连年龄也是毫无意义了。
在被送往部队之前，无论宪兵的审问是多么地残酷，“马魯太”仍然是会开口说话的人。
但是，自从他们作为“马鲁太”被关进部队之日起，全部都变成了无法生还的实验材料。
也有一些女的“马鲁太”，她们是以反日分子的嫌疑而被逮捕的俄国女人和中国的女学生。女的“马鲁太”主要用来作为性病的实验材料使用。
在部队“口”字楼的中间，有一幢混凝土的二层建筑，周围是用长廊围起来的。这里有许多单间牢房，每间牢房都有一个小窗户。这幢混凝土建筑同各研究班直接相联接，叫“马鲁太小屋”（即731部队特设监狱）。
特别班管辖的“马鲁太小屋”，左右分为两个部分，通常称做“7号楼”和“8号楼”。从移驻平房初期起，各建筑物就从1号起按顺序以编号称呼。原则上“7号楼”是关押男的“马鲁太”，“8号楼”是关押女的“马鲁太”，由于女的“马鲁太”少，有时“8号楼”也关押男的“马鲁太”。
据被告人川岛在哈巴罗夫斯克军事法庭上所作的证词，731部队经常关押着二三百名“马鲁太”。实际数字没有记录。
根据各班的实验研究的不同目的，“马鲁太”被转移到单间，或以三至十人为单位被转移到杂居房。
在送入731部队监狱之前，他（她）们一直受到关东军宪兵队夜以继日的拷问，但是，一旦被送进了731部队，就停止进行任何拷问和虐待，也不强制他（她）们服苦役。
不仅如此，他们供应“马鲁太”最好的伙食，给予充分的睡眠，甚至还发给他们维他命药剂，以便早日恢复已经衰弱了的体力，恢复为健康的肉体——这就是赋予被关押的“马鲁太”的任务。
由于获得了充分的营养，除了做完冻伤实验后的人以外，其他“马鲁太”都很胖，每天什么事情也不做。到接近供做实验时，肯定是死，或者说等待他们的是地狱般的痛苦，但是直到走上实验台的前一天，他们每天的生活是无所事事，表面上是十分无聊的。
作为“马鲁太”而关押的中国女教师做纸捻，并以它作材料编制小的中国鞋或其他工艺品。这就是“马鲁太”的日常生活。
但是，营养丰富的日常生活是短暂的。“马鲁太”的新旧更替是十分频繁的，大致是按照两天三个人的比例被当做实验材料来用掉。
据后来川岛被告在哈巴罗夫斯克举行的远东军事法庭上的供述，在1940年至1945年期间，731部队“消耗”掉的“马鲁太”达3000人以上，但是原部队人员一致做出的证词是“恐怕比这个数字还要多”。
关东军十分重视731部队秘密领受的特殊任务，为他们更加容易进行这种研究实验提供了各种方便。
“方便”之一就是源源不断地供应“马鲁太”。
他们按照实验的程序来使用“马鲁太”，给他们注射鼠疫、霍乱、梅毒、螺旋体等菌苗，或者在他们的饮料或馒头等食物中渗入或人工“移植”这些菌苗。有的也被用来进行冻伤实验、枪杀实验或瓦斯坏疽实验。
残酷的给养
关押在731部队里的“马鲁太”获得充分的营养。
养肥“马鲁太”有四重意义：
其目的之一是为了获得完善的“实脸材料”，如果“马鲁太”身体衰弱或患疾病，就失去了“实验”的完善条件。
731部队一直全面负责进行细菌战准备的研究和实际作战。为了进行细菌战，他们需要有关细菌传染的准确资料。
健康的人体在何种条件下会患鼠疫和霍乱，经过一个什么样的过程才致死或得救呢？
为了彻底了解各种细菌感染、发病的过程，部队通过大规模的临床实验，来搜集资料。只有通过连续使用完善的“实验材料”才能取得完善的资料。“马鲁太”必须是健康的，而且随时可以进行补充。
养肥“马鲁太”的另一个目的是研究预防和治疗各种传染病的方法。
为了进行细菌战，必须深入敌后或在前线散布大量的病菌。
这种作战自然是由日军部队（731部队）来实施。届时，日军士兵由于不注意，皮肤和口腔接触病菌的可能性极大。另外，在实施细菌战之后，友军也可能会进入细菌污染地区。
由于这种缘故，必须掌握预防和治疗的方法，否则，马上就会有导致产生“悲剧”的可能。如果由于进行细菌战，而使友军蒙受损失的话，那么，开展细菌战就毫无意义了。
彻底打击敌人，认真保护自己，是进行细菌战的要诀。因此，必须“研究”针对鼠疫、霍乱、伤寒等病毒的菌苗，并研究血清疗法或利用其他药物的化学疗法等。
在大规模的细菌战中，需要大量预防用的菌苗。部队为了生产大量的细菌，同时，还要开发研究预防和治疗用的菌苗。
为了制造菌苗，必须进行许多实验，需要大量的血清。为此，有必要使“马鲁太”处于健康状态，并发胖。
有一原731部队的人员回忆说：“部分‘马鲁太’被注射细菌发病以后，以当时731部队最好的疗法，来控制‘马魯太’病情发展，因为他们想尽可能再次使用‘马鲁太’，也想从患病而尚未致死、又复原了的‘马鲁太’身上抽血或作为标本来使用，这种‘马鲁太’作为研究材料来说是十分宝责的。”
保证“马鲁太”获得充分营养的第三个目的是研制细菌战的“武器”。
731部队把老鼠和寄生于老鼠的跳蚤作为传播鼠疫病菌的有力媒体来加以研究。研究如何让老鼠和跳蚤传染上病菌，并让它们接触或聚在人体上，研究用什么方法在敌后和前线大量放出活老鼠和跳蚤……而利用“马鲁太”来解决这些难题是有用的。
细菌武器不仅仅采用小动物和昆虫，把炭疽菌和伤寒菌等放入食物中或投入井水和饮水之中，就是最好的“武器”。他们研制了滲入细菌的巧克力糖和馒头，用来进行实验。为了进行这种实验，也需要健康的“马鲁太”，又丝毫不承认他们的人性。
部队研制了自来水笔式的细菌手枪和手杖式的细菌枪，来实验这些“枪”的效果，马鲁太是最有用的。
养肥“马魯太”的最后一个原因是为了研究防治中国东北地区的地方病。
当时驻苏满边境的日本军队的部分官兵中，蔓延着一种原因不明的流行性出血热。据估计，这种疾病是由某种病毒或立克次氏体引起的。731部队曾使用“马鲁太”研究流行性出血热。
“马魯太”与“圆木”之间
731部队关押的俘虏，一律被叫做“马鲁太”，这一事实是1949年12月25日至30日在哈巴罗夫斯克举行的军事法庭上查明的。
让我们引用当时的公审记录——《关于目前日本军人被起诉准备和使用细菌武器事件的公审文件》（1950年，莫斯科外语图书出版社出版）的一段吧。
出席法庭的是前军医少将川岛。他在731部队中历任总务部长、第一部长（负责研究细菌的部门）、第四部长（负责制造细菌的部门）等职，是部队中的一个资深军官，战后曾被苏军逮捕。
以下是国家检察官斯米尔诺夫提出的问题和川岛的回答：
问：你们为何不在日本而在满洲进行细菌战的准备呢？
答：满洲是同苏联相邻接的国家，战争开始时，从满洲地区使用细菌武器比较容易和方便，而且在满洲进行有关研究细菌武器的实验非常方便。
问：在满洲进行实验的“方便性”究竟表现在什么地方？
答：之所以说满洲非常方便，是因为在那里有充分的实验材料的缘故。
问：“实验材料”指何而言？是否是为供实验使用而送往部队的人？
答：就是这个意思。
问：部队里使用何种隐语来称呼实验牺牲者？
答：把他们叫做“马鲁太”（MARUTA）。
问：在监狱里你们是按照他们的姓名关押的吗？
答：不，他们都有编号。
问：那么，这些人最终都必须死去吗？
答：是的。
问：你作为专门研究细菌的人，采用蔓延杀人性的传染病作为战争的手段，难道不知道会带来可怕的灾难吗？
答：是的，我知道这一点。