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千年兽在最后的时刻虽然重伤但是却成功的逃进了“黑暗之海”，那是由无数的病毒型数码宝贝死亡后的怨念形成的邪恶区域。我们的力量在封印了那些魔王数码宝贝后已经所剩无多了，黑暗之海太大了而且黑暗之海不是我们可以生存的，在那里我们需要用力量来抵御黑暗之海的侵蚀。所以我们根本没用足够的力量在黑暗之海寻找千年兽。所以我们只能在黑暗之海布下封印，然后在留下一个勇者兽的分身在那里监视就就全体返回了数码宝贝世界。
虽然打败了千年兽的进攻但是我们的损失也是非常大的，世界树和十三皇家骑士团的力量几乎所剩无几，而我们的本源—勇者兽的本体在最后爆发了全部的力量才重创了千年兽让我们赢得了这场战争的胜利。勇者兽也受了重伤恢复全盛遥遥无期。
然而这一切还没有结束，黑暗区域的千年兽虽然战败了但是那里还有很多的黑暗数码宝贝。黑暗之海对数码宝贝世界还在不断的侵蚀。而我们的高端力量几乎损失殆尽。
在这个关键的时候，世界树牺牲了自己化为火墙抵挡了黑暗区域的侵蚀。封上了黑暗区域通向数码宝贝世界的大门。
数码宝贝世界在经过了多年的战争已经频临崩溃的边缘于是世界树分化出了圣石，以此稳固数码宝贝世界。而十三皇家骑士也将自己化为了本源力量附在圣石上来稳固数码宝贝世界。世界树在最后留下了一段数据在数码宝贝世界，这段数据吸收了资料散布在数码宝贝世界，他们自称为代理者—代理世界树管理数码宝贝世界。他们防御外来的侵略，维护数码宝贝世界的正常运转，将一些不该存在的数据清除掉。
我们和代理者通过这场战争意识到人类世界对于数码宝贝世界的影响实在是太大了，我们需要将数码宝贝世界脱离人类世界的影响。于是我们制定了计划，准备将数码宝贝世界升级为物质的世界不再受人类世界的影响。
虽然我们想要快速的升级数码宝贝世界但是这不是一个短时间可以实现的事情，而且这还需要庞大的能量我们能量不足以支撑这个计划。就在我们一筹莫展是千年兽苏醒了并且跟我们谈了一个交易。
他说他可以提供数码宝贝世界升级说需要的能量，但是他的力量都是黑暗的所以他提出可以由他来控制数码宝贝世界从而用黑暗力量来完成升级。
但是他提出的这个计划不是我们可以接受的，由千年兽来控制数码宝贝世界是不可能的。但是我们也拿不出这么多的能量，所以我们必须用黑暗的力量来完成，因为我们不敢想像在这个时间段里人类世界还会向数码宝贝世界投入多少的病毒。所以我们最后达成了协议：由千年兽派遣魔王控制数码宝贝世界但是力量不能超过究极体，用黑暗的力量完成数码宝贝世界的升级。但是我们需要力量来牵制魔王。
就在这个时候，在人类世界的网络里产生了一个数码蛋，落在你们家里。而你和嘉儿在短时间里将这个数码蛋进化为了成熟期。我们从你们的身上看到了人类对于数码宝贝的重大意义，于是我们相当借助你们的力量了，制定了一个计划—神圣计划。
第五十二章 历史—四圣兽和极恶魔王
自从我们在你和嘉儿身上发现人类徽章对于数码宝贝促进后，我们就着手开始分析你们的数据。我们本来因为能量的不足而担心，但是你们的身上拥有巨大的能量。我们假意答应千年兽的要求，一边加紧分析你们的数据希望可以找出原因。这样就可以不必依靠千年兽了。毕竟我们对千年兽从来不信任，而千年兽对我们也是如此。当初我们和千年兽之间的交易，说实话谁都没有真的相信对方会真的履行。
但是我们在分析了你们的数据后发现你们有一个独特的数据。这段特殊的数据我们无法理解，经过分析我们也不明白这段数据为什么可以拥有巨大的力量可以促进数码宝贝的进化。无奈我们回收了那个暴龙兽但是在回收的过程中，千年兽插手了他利用火墙的一个漏洞将暴龙兽抢走了。我们虽然及时的补上了这个漏洞但是却晚了一步暴龙兽还是被千年兽带走了。
千年兽利用钢之帝国留下的技术将那只暴龙兽改造成了机械暴龙兽，在千年兽给机械暴龙兽灌注了黑暗的能量后再次改造成了机械邪龙兽，从而诞生了第一由进化而来的究极体，在此之前究极体的数码宝贝只能用无穷的能量来催化比如十三皇家骑士和黑暗七魔王。但是机械邪龙兽的出现打破了这一个常识。从而让数码宝贝世界拥有了自然进化究极体这一个概念，从而让数码宝贝拥有了自然进化为究极体的可能。
我们于是想到了将人类世界的孩子们带到数码宝贝世界并且给他们相匹配的数码宝贝搭档，从而让他们可以催化数码宝贝，增添我们的战斗力。我们扫描了当时在场的孩子们将他们的心纹制作成了可以放大他们心纹和提高心纹力量传送给数码宝贝的利用率。但是我们担心在你们以后是否还可以拥有这个品质，或者在有了数码宝贝后会用他们做一些不好的事情，于是我们在徽章上加入了密码，只有在检测到你们有这个品质时才可以发挥徽章的功能。
我们和代理者将全部的精力都投入到了制作神圣计划和徽章的工作里，但是数码宝贝世界也不能没有管理者。于是我们选择了五只神圣的数码宝贝将他们的力量用圣石提升到了究极体，并且将圣石所掌管的法制给了他们希望他们可以代替我们管理数码宝贝世界。在做好了这些后我们就开始了工作，希望可以在与千年兽决战的最后时刻让这些数码宝贝转化为助力。
但是在这个时间里镇座数码世界中央掌管“大地（世界）”的皇帝数码兽黄龙兽是数码宝贝世界的第一只数据种数码宝贝被在遥远古代降临的一只天使数码兽封印于地下深深的黑暗中。因此失去统治的四圣兽开始争夺霸权。虽然黄龙兽陷入了封印但是他却是第一只数据种的数码宝贝从此数码宝贝世界有了数据种的数码宝贝。
掌握着数码宝贝世界的规则守护东方操纵雷之力量的青龙青龙兽守护北方操纵水之力量的玄武玄武兽守护南方操纵火之力量的朱雀朱雀兽守护西方操纵钢之力量的白虎白虎兽。和手下的十二帝厉魔毘羯罗兽（亥），宫毘罗兽（子），伐折罗兽（丑），迷企罗兽（寅），安底罗兽（卯），頞儞罗兽（辰），珊底罗兽（巳），因达罗兽（午），波夷罗兽（未），摩虎罗兽（申），真达罗兽（酉），招杜罗兽（戌）开始了互相讨伐，在这场本不用的战争里无数的数码宝贝卷入其中。
四圣兽他们的职责是维护数码宝贝世界的平衡和平稳的运行。但是他们争权夺利的行为将数码宝贝世界带入了战乱之中，在这场战争中无数无辜的数码宝贝死亡，他们的怨念在数码宝贝世界中不断的飘荡不愿散去。来自人类的负面思考、被这场战争影响进化不了而灭亡的数码宝贝们的怨念。数码兽即使在进化的过程中不幸消失了，仍然能做为别的数码兽在创始村筑构重新复活。但是对自己消失的怨念、思想等仍会残留。
由大量进化中消失的数码宝贝的怨念和人消极的思考加上来自黑暗之海的数据成为了一个恐怖的结合体—极恶魔王强大的力量足以毁灭平行世界。与“恒常性”是完全相反的两派，其巨大的身体里充满了留恋不已的数码宝贝们各种各样的怨念，以及所有黑暗系数码宝贝的进化、必杀技、通常技之类的情报。。
极恶魔王想用体内预先准备的大爆炸将世界重置，之后自己创造新世界的规则，也就是成为神。将进化、成长、运动、所有反复无常的事物（也就是进化的概念）都否定掉，正如他本身的概念一般，成为停滞又死寂的新世界之神。开始与四圣兽争夺数码宝贝世界的控制权。四圣兽停止了战争，开始站在统一战线与极恶魔王斗争。但是他们之间的战争让数码宝贝世界再次开始了动荡。
最后四圣兽借助数码宝贝世界的力量封印了极恶魔王将其封印在了火墙外面。但是这场战争让数码宝贝世界的平衡消失了。火墙也开始变得不是那么的紧密可以防御黑暗区域的侵蚀，黑暗区域开始不断的侵蚀数码宝贝世界。
在这个时候千年兽利用这个时机开始冲击封印，我们只能留下代理者继续制作神圣计划和徽章，好在已经差不多完成了。我们则去黑暗之海监视千年兽的行动。
就在这时候千年兽利用极恶魔王留下的后手发动了，小丑皇带领着机械邪龙兽袭击了我们制作神圣计划的地方。代理者们的战斗力并不强大，没能抵挡小丑皇他们的进攻他们夺走了徽章，而一个代理者—现在的玄内带走了数码蛋和神圣计划。
四圣兽得知后赶紧去阻止但是千年兽另外又催生了木偶兽、改造成了钢铁海龙兽与四圣兽他们对抗。我们与千年兽再次展开了战斗，无暇顾及数码宝贝世界的变化。等到我们还不容易将千年兽再次镇压起来时，四圣兽他们已经被黑暗四天王所压制。我们本来想要帮助四圣兽但是却发现这不是我们可以插手的因为黑暗四天王这时候表面上还是极恶魔王的棋子。而极恶魔王是从数码宝贝世界出生的虽然他不是正常的数码蛋但是也是属于数码宝贝世界的。我们的职责是维护数码宝贝世界。等到我们明白这是千年兽的阴谋时，已经晚了一切已经是定局了我们也被千年兽所牵制。
黑暗四天王他们开始封印四圣兽，于是我们准备利用这个机会，快速的实现数码宝贝世界的升级。数码宝贝世界从人类世界而来，所以复制人类世界的规则是最快捷方便的，所以数码宝贝世界有那么多奇奇怪怪的东西。
千年兽与我们约定都不可以干扰数码宝贝世界虽然谁都没有把这个约定放在心上。但是我们还有更深的考虑，人类本身拥有光和暗两个方面，如果让人类来统领数码宝贝世界，那么数码宝贝世界升级的能量就可以从两个方面获得了，而且从人类世界复制的规则如果有人类来使用那么就可以更快的融入数码宝贝世界了。
所有我们将你们召唤到数码宝贝世界以后，就将我们手上所有关于钢之帝国的资料留在了钢铁工厂，只要你到以后就会显示出来，我们希望你可以尽快的成长起来，抵挡黑暗四天王。
第五十三章 即将开始的战斗
勇者兽再次消失了，如同他来的时候一样。太一得知了更多的东西，但是他的心情再次变得很差。尤其是得知了有千年兽之后，千年兽太一还记得一些。是由拥有压倒性力量的无限龙兽和各种各样的强有力的数码兽的数据内脏及部件的基米拉兽融合的合成型数码兽。至今都不知道这两尊数码兽合成为一体的原因，不过，被认为是攻无不克的，有无敌的力量的千年兽的钥匙被认为在那里。必杀技，压缩时间，制造奇异尺寸的空间的技能，能够把敌人永远封闭在异空间的无限海角，从背上的大炮中发射出超弩级能源波的无限大炮。
但是机械邪龙兽还在啊，为什么会有千年兽，他不是机械邪龙兽和基米拉兽合体产生的吗？
这些问题哪怕是勇者兽也不知道这是为什么，这个